[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4mo2: Crystal Structure of UDP-N-acetylgalactopyranose mutase from Camp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mo2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of UDP-N-acetylgalactopyranose mutase from Campylobacter jejuni | ||||||
Components | UDP-galactopyranose mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / UDP-N-acetylgalactopyranose mutase / UNGM / capsular polysaccharides / bifunctional / drug target / FAD | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Dalrymple, S.A. / Protsko, C. / Poulin, M.B. / Lowary, T.L. / Sanders, D.A.R. | ||||||
Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2014 Title: Specificity of a UDP-GalNAc Pyranose-Furanose Mutase: A Potential Therapeutic Target for Campylobacter jejuni Infections. Authors: Poulin, M.B. / Shi, Y. / Protsko, C. / Dalrymple, S.A. / Sanders, D.A. / Pinto, B.M. / Lowary, T.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mo2.cif.gz | 186.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4mo2.ent.gz | 145 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mo2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mo2 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 43503.469 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) Strain: 11168 / Gene: Cj1439c, glf / Plasmid: pWM1007 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5alpha / References: UniProt: Q0P8H5, UDP-galactopyranose mutase |
---|
-Non-polymers , 6 types, 785 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FDA / | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-FAD / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.94 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 5.6 Details: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M tri-Sodium citrate pH 5.6, 25%(w/v) PEG 4000, microbatch, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→47.51 Å / Num. all: 63966 / Num. obs: 63966 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.11 % / Biso Wilson estimate: 21.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.55 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→47.51 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8788 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.32 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.7 Å2 / Biso mean: 26.1989 Å2 / Biso min: 5.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.51 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23 / % reflection obs: 100 %
|