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- PDB-3iq6: Crystal structure of a tetrameric Zn-bound cytochrome cb562 compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iq6
タイトルCrystal structure of a tetrameric Zn-bound cytochrome cb562 complex with covalently and non-covalently stabilized interfaces
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / Tetramer of Four-Helix Bundles with Interfacial Disulfide Bonds / Heme / Iron / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Brodin, J.N. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Evolution of metal selectivity in templated protein interfaces.
著者: Brodin, J.D. / Medina-Morales, A. / Ni, T. / Salgado, E.N. / Ambroggio, X.I. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2009年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,06424
ポリマ－93,6098
非ポリマー5,45516
水2,612145
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,53212
ポリマ－46,8044
非ポリマー2,7288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
2
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,53212
ポリマ－46,8044
非ポリマー2,7288
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-31.5 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.265, 76.770, 177.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain A,B,C,D,E,F,G,H, using restrain)

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要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11701.123 Da / 分子数: 8
変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, V69I, D73H, K77H, T96C, R98C, Y101C
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 2000, 0.1M HEPES, 0.15 M Sodium chloride, 1.15 mM Zinc chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月16日
詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 36885 / Num. obs: 36701 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5295 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HNI

3hni


解像度: 2.35→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.763 / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2550 6.9 %Random
Rwork0.228 ---
all0.238 36701 --
obs0.236 36576 98.6 %-
溶媒の処理Bsol: 39.728 Å2
原子変位パラメータBiso max: 97.37 Å2 / Biso mean: 46.922 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.182 Å20 Å20 Å2
2---10.912 Å20 Å2
3---13.094 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 0 352 145 7041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.367
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.583
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.772.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.7923.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプWeight
11BX-RAY DIFFRACTION0restrain200
11CX-RAY DIFFRACTION0restrain200
11DX-RAY DIFFRACTION0restrain200
11EX-RAY DIFFRACTION0restrain200
11FX-RAY DIFFRACTION0restrain200
11GX-RAY DIFFRACTION0restrain200
11HX-RAY DIFFRACTION0restrain200
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 52 -
Rwork0.306 --
obs-663 99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4param19x.hemetoph19x.heme

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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