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Yorodumi- PDB-6efu: Crystal structure of the double mutant L167W / P172L of the beta-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6efu | |||||||||
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Title | Crystal structure of the double mutant L167W / P172L of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum | |||||||||
Components | Beta-glucosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / GH1 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Trichoderma harzianum (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Morais, M.A.B. / Santos, C.A. / Tonoli, C.C.C. / Souza, A.P. / Murakami, M.T. | |||||||||
Funding support | Brazil, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2019 Title: An engineered GH1 beta-glucosidase displays enhanced glucose tolerance and increased sugar release from lignocellulosic materials. Authors: Santos, C.A. / Morais, M.A.B. / Terrett, O.M. / Lyczakowski, J.J. / Zanphorlin, L.M. / Ferreira-Filho, J.A. / Tonoli, C.C.C. / Murakami, M.T. / Dupree, P. / Souza, A.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6efu.cif.gz | 390.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6efu.ent.gz | 321.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6efu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6efu_validation.pdf.gz | 444.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6efu_full_validation.pdf.gz | 448.2 KB | Display | |
Data in XML | 6efu_validation.xml.gz | 35 KB | Display | |
Data in CIF | 6efu_validation.cif.gz | 49.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6efu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5bwfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53249.410 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L167W, P172L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichoderma harzianum (fungus) / Gene: bgl, CI102_8745 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A127SA86, UniProt: A0A2T4AR08*PLUS, beta-glucosidase #2: Chemical | ChemComp-NO3 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: PEG 3350 (20% w/v); 0.2 M sodium nitrate; 0.1 M Bis-tris propane pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.459 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→48.222 Å / Num. obs: 43877 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.784 % / Biso Wilson estimate: 36.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 9.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5BWF Resolution: 2.2→48.222 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.14 Å2 / Biso mean: 44.75 Å2 / Biso min: 21.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→48.222 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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