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Yorodumi- PDB-5bwf: Crystal structure of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bwf | ||||||
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Title | Crystal structure of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum | ||||||
Components | Beta-1,4-glucosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / beta-glucosidase / GH1 family | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trichoderma harzianum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Santos, C.A. / Zanphorlin, L.M. / Crucello, A. / Tonoli, C.C.C. / Ruller, R. / Souza, A.P. / Murakami, M.T. | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the beta-glucosidase from Trichoderma harzianum Authors: Santos, C.A. / Zanphorlin, L.M. / Crucello, A. / Tonoli, C.C.C. / Ruller, R. / Souza, A.P. / Murakami, M.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bwf.cif.gz | 381.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bwf.ent.gz | 312.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bwf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bwf_validation.pdf.gz | 457.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bwf_full_validation.pdf.gz | 461.9 KB | Display | |
Data in XML | 5bwf_validation.xml.gz | 33.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5bwf_validation.cif.gz | 46.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ahyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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Details | Authors have indicated that the protein is monomeric as supported by Analytical Ultracentrifugation |
-Components
#1: Protein | Mass: 55193.531 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichoderma harzianum (fungus) / Gene: bgl2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A3FPG4 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.27 Å3/Da / Density % sol: 76.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 2 M ammonium sulphate 0.1 M sodium acetate pH 5.5 2% (v/v) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.458 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 3, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.458 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→47.25 Å / Num. obs: 71026 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 30.56 Å2 / Rmerge F obs: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rrim(I) all: 0.248 / Χ2: 0.918 / Net I/σ(I): 7.06 / Num. measured all: 599403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3AHY Resolution: 2.6→47.25 Å / FOM work R set: 0.8732 / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.16 Å2 / Biso mean: 37.31 Å2 / Biso min: 12.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→47.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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