PDB-1h49: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INACTIVE DOUBLE MUTANT OF THE MAIZE BETA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h49

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE INACTIVE DOUBLE MUTANT OF THE MAIZE BETA-GLUCOSIDASE ZMGLU1-E191D-F198V IN COMPLEX WITH DIMBOA-GLUCOSIDE

要素

BETA-GLUCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY 1 / RETENTION OF THE ANOMERIC CONFIGURATION / INACTIVE MUTANT E191D

機能・相同性

機能・相同性情報

galactosidase activity / fucosidase activity / xylanase activity / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ZEA MAYS (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Czjzek, M. / Moriniere, J. / Verdoucq, L. / Bevan, D.R. / Henrissat, B. / Esen, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Mutational and Structural Analysis of Aglycone Specificity in Maize and Sorghum Beta-Glucosidases
著者: Verdoucq, L. / Czjzek, M. / Moriniere, J. / Bevan, D.R. / Esen, A.

履歴

登録	2003年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h49.cif.gz	218.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h49.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e4lS 1e1e 1e1f 1e4n 1e55 1e56 1hxj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mdp-d 3ptm-2 1gul-4 3zj7-1 3ptq-2 3scp-1 3wbe-d 3ptk-1 3gnr-d 3f5j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-GLUCOSIDASE

B: BETA-GLUCOSIDASE

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-GLUCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BETA-GLUCOSIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.145, 114.088, 80.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 29
2	1	1	6	B	1 - 29
1	2	1	2	A	30 - 36
2	2	1	2	B	30 - 36
1	3	1	5	A	37 - 50
2	3	1	5	B	37 - 50
1	4	1	2	A	50 - 60
2	4	1	2	B	50 - 60
1	5	1	5	A	60 - 184
2	5	1	5	B	60 - 184
1	6	1	2	A	184 - 200
2	6	1	2	B	184 - 200
1	7	1	5	A	201 - 225
2	7	1	5	B	201 - 225
1	8	1	2	A	226 - 238
2	8	1	2	B	226 - 238
1	9	1	5	A	239 - 253
2	9	1	5	B	239 - 253
1	10	1	2	A	254 - 265
2	10	1	2	B	254 - 265
1	11	1	5	A	266 - 272
2	11	1	5	B	266 - 272
1	12	1	2	A	273 - 291
2	12	1	2	B	273 - 291
1	13	1	5	A	292 - 327
2	13	1	5	B	292 - 327
1	14	1	2	A	328 - 342
2	14	1	2	B	328 - 342
1	15	1	5	A	343 - 401
2	15	1	5	B	343 - 401
1	16	1	2	A	402 - 410
2	16	1	2	B	402 - 410
1	17	1	5	A	411 - 449
2	17	1	5	B	411 - 449
1	18	1	2	A	450 - 476
2	18	1	2	B	450 - 476
1	19	1	5	A	477 - 490
2	19	1	5	B	477 - 490
1	20	1	6	A	490 - 501
2	20	1	6	B	490 - 501

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.97409, -0.17051, 0.14857), (-0.17723, 0.16748, -0.96981), (0.14048, -0.97102, -0.19337)
ベクター: 24.74996, 141.19318, 165.7684)

#1: タンパク質

BETA-GLUCOSIDASE / CHLOROPLAST PRECURSOR / GENTIOBIASE / CELLOBIASE / BETA-D-GLUCOSIDE GLUCOHYDROLASE / GLU1

分子量: 58410.383 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-GLUCOSIDASE, RESIDUES 55-566 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IN COMPLEX WITH THE LIGAND DIMBOA-GLUCOSIDE / 由来: (組換発現)

ZEA MAYS (トウモロコシ) / 株: CV. MUTIN / 組織: COLEOPTILE / Cell: PLYS S CELLS / プラスミド: PET-21A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49235, beta-glucosidase

#2: 化合物

ChemComp-HBO / 2,4-DIHYDROXY-7-(METHYLOXY)-2H-1,4-BENZOXAZIN-3(4H)-ONE / (2R)-7-メトキシ-2,4-ジヒドロキシ-2H-1,4-ベンゾオキサジン-3(4H)-オン

分子量: 211.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₅

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

ENGINEERED MUTATIONS GLU 245 ASP AND PHE 252 VAL, CHAINS A,B

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5 22 % PEG 4000, 5 % ISOPROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器	日付: 2002年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67417 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E4L

1e4l

解像度: 1.9→79.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.361 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	3519	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.185	67417	86.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.82 Å²	0 Å²	-2.7 Å²
2-	-	-2.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→79.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	52	491	8469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	8224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	7006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.948	11174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.974	3	16378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	8554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.136	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.211	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.091	2	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.701	3	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.691	4.5	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1986	tight positional	0.13	0.05
5062	medium positional	0.24	0.5
509	loose positional	0.34	5
1986	tight thermal	0.13	0.5
5062	medium thermal	0.51	2
509	loose thermal	1.1	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.281	317
R_work	0.256	6120

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.816	0.8605	0.2777	1.2034	0.595	0.4696	0.1738	-0.0336	-0.1333	0.2707	-0.0553	-0.2271	0.0949	0.0403	-0.1184	0.1472	-0.0281	-0.0218	0.1444	-0.0063	0.1321	17.895	114.244	79.935
2	0.5318	0.1958	0.3143	0.9225	0.5283	0.6502	-0.0047	0.1002	-0.0149	-0.098	0.0499	-0.0874	-0.1024	0.0527	-0.0453	0.0471	0.0007	0.065	0.1503	-0.0293	0.0958	-0.603	79.999	41.709

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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