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万見
- PDB-3aiw: Crystal structure of beta-glucosidase in rye complexed with 2-deo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aiw
タイトルCrystal structure of beta-glucosidase in rye complexed with 2-deoxy-2-fluoroglucoside and dinitrophenol
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / chloroplast / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-DINITROPHENOL / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Secale cereale (クロムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sue, M. / Nakamura, C. / Miyamoto, T. / Yajima, S.
引用ジャーナル: Plant Sci. / 年: 2011
タイトル: Active-site architecture of benzoxazinone-glucoside beta-D-glucosidases in Triticeae
著者: Sue, M. / Nakamura, C. / Miyamoto, T. / Yajima, S.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3373
ポリマ－63,9711
非ポリマー3662
水6,684371
1
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,02518
ポリマ－383,8276
非ポリマー2,19812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation18_445-x-3/4,z-1/4,y+1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
2
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6756
ポリマ－127,9422
非ポリマー7334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
Buried area1890 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area35230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.686, 194.686, 194.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 63971.230 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 50-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Secale cereale (クロムギ) / 遺伝子: ScGlu / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonplus(de3) Ril / 参照: UniProt: Q9FYS3, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-DNF / 2,4-DINITROPHENOL


分子量: 184.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O5
#3: 糖 ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose / 2-フルオロ-D-ブドウ糖


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
a-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DEPOSITORS HAVE CLONED THE GENE FROM THE PLANT BY THEMSELVES, AND CONFIRMED THE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20mM HEPES, 1M LiSO4, 150mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日
放射モノクロメーター: triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→58.7 Å / Num. obs: 49758 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 7134 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DGA

2dga


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.901 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21172 2516 5.1 %RANDOM
Rwork0.18601 ---
obs0.18728 47184 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.331 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 24 371 4327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0224095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0551.9445553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6565485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89924.029206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74715649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1821519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4781.52413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35323881
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.61931682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0314.51672
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 186 -
Rwork0.229 3437 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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