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- PDB-1jfm: CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE NK CELL LIGAND RAE-1 BETA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURINE NK CELL LIGAND RAE-1 BETA
要素retinoic acid early transcript beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / MURINE NK CELL LIGAND / RAE-1 BETA / NKG2D / MHC-I PLATFORM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of immune response to tumor cell / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of macrophage activation / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium ...positive regulation of immune response to tumor cell / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of macrophage activation / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retinoic acid early-inducible protein 1 / Class I Histocompatibility antigen, NKG2D ligand, domains 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid early-inducible protein 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Li, P. / Strong, R.K.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of RAE-1beta and its complex with the activating immunoreceptor NKG2D.
著者: Li, P. / McDermott, G. / Strong, R.K.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 2000
タイトル: Retinoic Acid Early Inducible Genes Define a Ligand 2 Activating Nkg2D Receptor in Mouse
著者: CERWENKA, A. / BAKKER, A.B. / MCCLANHAN, T. / WAGNER, J. / WU, J. / PHILLIPS, J.H. / LANIER, L.L.
#2: ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Ligands for the Murine Nkg2D Receptor:Expression by Tumor cells and Macrophages
著者: DIEFENBACH, A. / JAMIESON, A.M. / LIU, S.D. / SHASTRI, N. / RAULET, D.H.
履歴
登録2001年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: retinoic acid early transcript beta
B: retinoic acid early transcript beta
C: retinoic acid early transcript beta
D: retinoic acid early transcript beta
E: retinoic acid early transcript beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2195
ポリマ－100,2195
非ポリマー00
水75742
1
A: retinoic acid early transcript beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0441
ポリマ－20,0441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: retinoic acid early transcript beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0441
ポリマ－20,0441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: retinoic acid early transcript beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0441
ポリマ－20,0441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: retinoic acid early transcript beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0441
ポリマ－20,0441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: retinoic acid early transcript beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0441
ポリマ－20,0441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.415, 138.415, 337.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質
retinoic acid early transcript beta / Rae-1 beta


分子量: 20043.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RAE-1beta / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: O08603
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 % / 解説: MIR WITH 5 FOLD NCS AVERAGING
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG400 + 375mM (NH4)2SO4, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein1drop
225 mMPIPES1drop
31 mMEDTA1drop
40.02 %1droppH7.0NaN3
530 %(w/w)PEG4001reservoir
60.375 Mammonium sulfate1reservoir
7100 mMacetate1reservoirpH4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月16日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.11
反射解像度: 2.85→25 Å / Num. all: 38675 / Num. obs: 37491 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.37 % / Biso Wilson estimate: 88.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 37.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1899 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 38675 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS1精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.85→24.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 283690.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2839 7.6 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.237 38675 --
obs0.234 37491 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.82 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→24.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7025 0 0 42 7067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 453 7.8 %
Rwork0.398 5328 -
obs-5781 91.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 89 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.05
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.403 / % reflection Rfree: 7.8 % / Rfactor Rwork: 0.398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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