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万見
- PDB-1gu8: SENSORY RHODOPSIN II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gu8
タイトルSENSORY RHODOPSIN II
要素SENSORY RHODOPSIN II
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ARCHAEAL RHODOPSIN / PHOTORECEPTOR / PHOTOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Sensory rhodopsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種NATRONOMONAS PHARAONIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Edman, K. / Royant, A. / Nollert, P. / Maxwell, C.A. / Pebay-Peyroula, E. / Navarro, J. / Neutze, R. / Landau, E.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Early Structural Rearrangements in the Photocycle of an Integral Membrane Sensory Receptor
著者: Edman, K. / Royant, A. / Nollert, P. / Maxwell, C.A. / Pebay-Peyroula, E. / Navarro, J. / Neutze, R. / Landau, E.M.
履歴
登録2002年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENSORY RHODOPSIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6893
ポリマ－25,3691
非ポリマー3202
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.510, 128.553, 50.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
モデル数2

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要素

#1: タンパク質 SENSORY RHODOPSIN II / SR-II


分子量: 25368.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MODEL 1 - GROUND STATE, MODEL 2 - K-STATE / 由来: (組換発現) NATRONOMONAS PHARAONIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: SIDE CHAINS, LOOPS AND THE RETINAL WERE OMITTED IN THE STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. LOOPS AB AND CD WERE RESTRAINED IN THE PARTIAL OCCUPANCY REFINEMENT.
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: Royant, A., (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 98, 10131.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.5 mg/mlprotein11
20.005 %n-dodecyl beta-D-maltoside11
375 mM11NaOAc
41.5 M11NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→35.6 Å / Num. obs: 13086 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.27→2.38 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 36 Å / Num. measured all: 76030
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H68

1h68


解像度: 2.27→36 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 735 5.6 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 13075 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 81.5 Å2 / ksol: 0.46 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å20 Å20 Å2
2--3.85 Å20 Å2
3----6.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 21 16 1658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 116 5.8 %
Rwork0.259 1879 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3RET-CIS.PARRET.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.255 / Rfactor Rwork: 0.23 / 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 36 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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