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万見
- PDB-1p7m: SOLUTION STRUCTURE AND BASE PERTURBATION STUDIES REVEAL A NOVEL M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p7m
タイトルSOLUTION STRUCTURE AND BASE PERTURBATION STUDIES REVEAL A NOVEL MODE OF ALKYLATED BASE RECOGNITION BY 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE I
要素DNA-3-methyladenine glycosylase I
キーワードHYDROLASE / 3-methyladenine TAG complex nmr
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-3-methyladenine glycosylase I / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / DNA alkylation repair / base-excision repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase I / Methyladenine glycosylase / : / Methyladenine glycosylase / Hypothetical protein; domain 2 / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / DNA-3-methyladenine glycosylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Cao, C. / Kwon, K. / Jiang, Y.L. / Drohat, A.C. / Stivers, J.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution structure and base perturbation studies reveal a novel mode of alkylated base recognition by 3-methyladenine DNA glycosylase I
著者: Cao, C. / Kwon, K. / Jiang, Y.L. / Drohat, A.C. / Stivers, J.T.
履歴
登録2003年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3533
ポリマ－21,1381
非ポリマー2152
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #8lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-3-methyladenine glycosylase I


分子量: 21138.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TAG OR B3549 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): strain B / 参照: UniProt: P05100, DNA-3-methyladenine glycosylase I
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADK / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / 3-METHYLADENINE / 3-メチルアデニン


分子量: 149.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
2213D 15N-separated NOESY
3312D NOESY
44113C-edited HSQC
NMR実験の詳細Text: 1H-13C HMQC

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試料調製

詳細内容: 0.5-1mM 13C, 15N, 75% 2H labeled3-methyladenine DNA glycosylase I, 100mM Nacl, 3mM DTT, 0.34mM NaN3, 10mM phosphate buffer, pH6.6 ~8, fold ( or 13C8 labeled) 3-methyladenine
溶媒系: H20
試料状態イオン強度: 10mM phosphate buffer / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5003
Varian INOVAVarianINOVA6004
Bruker DMXBrukerDMX7505

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T., Adams, P.D., Clore, G.M., Delano, W.L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R.W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N.S., Read, R.J., Rice, L.M., Simonson, T., Warren, G.L.構造決定
X-PLORNIH-2.0.2Clore, G.M., Kuszewski, J.精密化
Sparky3.93Goddard, T.D., Kneller, D.G.データ解析
NMRPipeNIHDelaglio, F.解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2494 restraints, 2140 are NOE-derived distance constraints, 222 dihedral angle restraints, 132 h-bond constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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