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- PDB-4pp8: Crystal structure of murine NK cell ligand RAE-1 beta in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pp8
タイトルCrystal structure of murine NK cell ligand RAE-1 beta in complex with NKG2D
要素
  • NKG2-D type II integral membrane protein
  • Retinoic acid early-inducible protein 1-beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / MURINE NK CELL LIGAND / RAE-1 BETA / NKG2D / MHC-I PLATFORM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of immune response to tumor cell / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of macrophage activation / natural killer cell activation / DAP12 signaling ...positive regulation of immune response to tumor cell / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of macrophage activation / natural killer cell activation / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / natural killer cell mediated cytotoxicity / cellular response to exogenous dsRNA / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / nitric oxide biosynthetic process / kinase binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retinoic acid early-inducible protein 1 / Class I Histocompatibility antigen, NKG2D ligand, domains 1 and 2 / NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...Retinoic acid early-inducible protein 1 / Class I Histocompatibility antigen, NKG2D ligand, domains 1 and 2 / NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid early-inducible protein 1-beta / NKG2-D type II integral membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, P. / Strong, R.K.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of RAE-1beta and its complex with the activating immunoreceptor NKG2D.
著者: Li, P. / McDermott, G. / Strong, R.K.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 2000
タイトル: Retinoic acid early inducible genes define a ligand family for the activating NKG2D receptor in mice.
著者: Cerwenka, A. / Bakker, A.B. / McClanahan, T. / Wagner, J. / Wu, J. / Phillips, J.H. / Lanier, L.L.
#2: ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Ligands for the murine NKG2D receptor: expression by tumor cells and activation of NK cells and macrophages.
著者: Diefenbach, A. / Jamieson, A.M. / Liu, S.D. / Shastri, N. / Raulet, D.H.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年4月9日ID: 1JSK
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NKG2-D type II integral membrane protein
B: NKG2-D type II integral membrane protein
C: Retinoic acid early-inducible protein 1-beta
D: Retinoic acid early-inducible protein 1-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9305
ポリマ－68,8384
非ポリマー921
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.637, 58.637, 350.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVALAA108 - 2321 - 125
21METMETVALVALBB108 - 2321 - 125
12HISHISGLNGLNCC3 - 1703 - 170
22HISHISGLNGLNDD3 - 1703 - 170

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor


分子量: 14375.146 Da / 分子数: 2 / 断片: RAE-1BETA, UNP residues 109-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klrk1, Nkg2d, RAE-1 BETA / プラスミド: PET22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: O54709
#2: タンパク質 Retinoic acid early-inducible protein 1-beta / RAE-1-beta


分子量: 20043.744 Da / 分子数: 2 / 断片: IMMUNORECEPTOR NKG2D, UNP residues 31-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NKG2D, Raet1b / プラスミド: PET22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: O08603
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8000, 0.300M AS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.77 Å / Num. all: 49287 / Num. obs: 45094 / % possible obs: 91.48 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→48.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.248 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 2285 5.1 %RANDOM
Rwork0.19049 ---
obs0.1918 42805 91.46 %-
all-49287 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.029 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20.4 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4335 0 6 187 4528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.024467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9326072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9339173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12625.403211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09515728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2611510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2912.8732177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2912.8732176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1814.292706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.184.2912707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3612.9722290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3592.9722290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2044.4123366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.10423.1565142
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.05122.9755094
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A67530.11
12B67530.11
21C74270.13
22D74270.13
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 80 -
Rwork0.237 1634 -
obs--47.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9338-0.5804-0.87831.88420.09735.19480.0826-0.04070.00320.00160.0776-0.09460.04240.1099-0.16020.03590.01820.00630.0151-0.00120.01460.37150.135214.0285
20.645-0.06110.44291.2391-1.05044.79950.06250.039-0.0821-0.11340.0502-0.06510.29330.1401-0.11270.10570.04790.02790.0431-0.00190.03652.81370.5466-11.2202
34.0992-0.4901-0.8134.0881-0.1565.053-0.15590.0581-0.05020.09490.09350.35690.1308-0.44060.06240.04460.02420.06340.07220.05270.1134-13.420420.497-1.2496
40.7113-1.1479-0.67646.2609-2.29943.40770.05940.1517-0.1774-0.56460.090.5640.2669-0.5496-0.14940.1942-0.0877-0.08140.2680.10420.291624.419922.54835.7475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A108 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B108 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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