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- PDB-6p0x: Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p0x
タイトルStructure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from Salmonella typhimurium strain LT2
要素Salmonella plasmid virulence: SpvB
キーワードUNKNOWN FUNCTION / salmonella effector / SpvB / ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / Mono(ADP-ribosyl)transferase SpvB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xu, C. / Boniecki, M. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)48370 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from Salmonella typhimurium strain LT2
著者: Xu, C. / Boniecki, M. / Cygler, M.
履歴
登録2019年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salmonella plasmid virulence: SpvB
B: Salmonella plasmid virulence: SpvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,60715
ポリマ－73,3532
非ポリマー1,25413
水4,774265
1
A: Salmonella plasmid virulence: SpvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3539
ポリマ－36,6761
非ポリマー6778
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Salmonella plasmid virulence: SpvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2546
ポリマ－36,6761
非ポリマー5785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.351, 101.351, 211.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-576-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Salmonella plasmid virulence: SpvB


分子量: 36676.379 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-355 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spvB, spvA, PSLT039 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: H9L477
#2: 化合物 ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID


分子量: 72.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.83 % / 解説: Rod shape
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 14% poly(acrylic acid) 5100 sodium salt, 4% PEG3350, 1 mM DTT and 20 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 44119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 41.29
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 2160 / Rpim(I) all: 0.222 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IGL

4igl


解像度: 2.4→49.28 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2077 4.74 %
Rwork0.1874 --
obs0.1887 43821 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 83 265 5321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6227098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5543012
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004930
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 136 -
Rwork0.2526 2539 -
obs-4131 95.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.75410.0812-1.39253.94830.79391.7760.0797-0.36350.2931-0.02490.0284-0.20620.0220.1284-0.03050.3088-0.01560.05130.2586-0.01810.162960.73064.690420.475
23.45090.15870.64643.4563-0.34271.3418-0.12270.10540.5477-0.13490.1-0.2792-0.10130.21780.00660.2741-0.06320.07470.2283-0.04310.285877.58073.6956-1.0969
32.3580.0825-0.50351.4747-0.21982.7578-0.1833-0.5512-0.2560.25380.1055-0.19980.32330.31990.02650.3410.08880.04790.28180.030.255569.1316-7.353118.1714
43.03720.68071.05573.64812.34926.4264-0.1703-0.6928-0.38960.46610.26250.04160.6659-0.2442-0.1820.4490.05220.13840.41080.01210.248650.9838-4.153927.1762
53.8382-0.2389-0.05893.539-2.86652.35580.01840.027-0.0237-0.3697-0.10620.52950.1136-0.62130.06050.25240.1084-0.11570.4418-0.19670.313333.96572.256245.7849
62.0139-0.785-0.00071.4378-1.33071.5837-0.13170.6048-0.0812-0.8142-0.26430.5781-0.4047-0.9186-0.37450.81510.4183-0.42790.9551-0.32980.53525.003210.590221.3238
70.96-0.7106-0.86631.83060.49011.63090.02050.05830.2537-0.406-0.19490.1594-0.7514-0.2617-0.0140.38870.2153-0.11680.3679-0.15460.364137.029116.103240.9374
82.98351.1446-1.69144.6014-0.47586.5253-0.2433-0.78330.18370.36830.1723-0.29980.04620.6294-0.02040.22460.094-0.09930.4173-0.1150.254945.76193.10553.6942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 153 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 154 through 333 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 334 through 353 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 34 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 77 through 153)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 154 through 333)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 334 through 353)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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