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- PDB-2yjn: Structure of the glycosyltransferase EryCIII from the erythromyci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yjn
タイトルStructure of the glycosyltransferase EryCIII from the erythromycin biosynthetic pathway, in complex with its activating partner, EryCII
要素
  • DTDP-4-KETO-6-DEOXY-HEXOSE 3,4-ISOMERASE
  • GLYCOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / CYTOCHROME P450
機能・相同性
機能・相同性情報


3-alpha-mycarosylerythronolide B desosaminyl transferase / UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase, activator-dependent family / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, N-terminal domain / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 ...Glycosyltransferase, activator-dependent family / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, N-terminal domain / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome P450 family protein EryCII / 3-alpha-mycarosylerythronolide B desosaminyl transferase / 3-alpha-mycarosylerythronolide B desosaminyl transferase / Cytochrome P450 family protein EryCII
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROPOLYSPORA ERYTHRAEA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.091 Å
データ登録者Moncrieffe, M.C. / Fernandez, M.J. / Spiteller, D. / Matsumura, H. / Gay, N.J. / Luisi, B.F. / Leadlay, P.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2012
タイトル: Structure of the Glycosyltransferase Eryciii in Complex with its Activating P450 Homologue Erycii.
著者: Moncrieffe, M.C. / Fernandez, M. / Spiteller, D. / Matsumura, H. / Gay, N.J. / Luisi, B.F. / Leadlay, P.F.
履歴
登録2011年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Other
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSYLTRANSFERASE
B: DTDP-4-KETO-6-DEOXY-HEXOSE 3,4-ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8742
ポリマ-88,8742
非ポリマー00
00
1
A: GLYCOSYLTRANSFERASE
B: DTDP-4-KETO-6-DEOXY-HEXOSE 3,4-ISOMERASE

A: GLYCOSYLTRANSFERASE
B: DTDP-4-KETO-6-DEOXY-HEXOSE 3,4-ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,7484
ポリマ-177,7484
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
Buried area8570 Å2
ΔGint-30.4 kcal/mol
Surface area58140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.891, 141.891, 141.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 GLYCOSYLTRANSFERASE / ERYCIII


分子量: 48147.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROPOLYSPORA ERYTHRAEA (バクテリア)
: NRRL2338 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RP / 参照: UniProt: O54224, UniProt: A4F7P3*PLUS
#2: タンパク質 DTDP-4-KETO-6-DEOXY-HEXOSE 3,4-ISOMERASE / ERYCII


分子量: 40726.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROPOLYSPORA ERYTHRAEA (バクテリア)
: NRRL2338 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RP / 参照: UniProt: O54225, UniProt: A4F7P2*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 10 MM PHOSPHATE, PH 8, 2MM DTT, 4M SODIUM FORMATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 17457 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 93.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.1→3.1 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.091→19.677 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A RESIDUES 1-18 ARE MISSING CHAIN B RESIDUES 1-19 ARE MISSING
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 891 5.1 %
Rwork0.2102 --
obs0.2129 17457 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.51 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.0225 Å20 Å20 Å2
2--20.0225 Å20 Å2
3---20.0225 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.091→19.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5419 0 0 0 5419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8627659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4511929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0912-3.2840.32451340.25182771X-RAY DIFFRACTION100
3.284-3.53620.34581540.23262745X-RAY DIFFRACTION100
3.5362-3.88960.29691520.23092716X-RAY DIFFRACTION99
3.8896-4.44680.25071380.19162746X-RAY DIFFRACTION98
4.4468-5.58120.24491560.19412761X-RAY DIFFRACTION99
5.5812-19.67710.23761570.20962827X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4413-0.66310.38462.77970.17262.11170.1696-0.01550.7451-0.0087-0.0179-0.1549-0.49050.08440.05750.34280.0589-0.03680.18930.02520.359464.9192-28.9589-78.2101
22.0212-1.52140.11861.49470.04091.0905-0.0576-0.1230.61560.1116-0.0637-0.2235-0.3899-0.0317-0.00530.45630.2328-0.12760.2295-0.02280.615440.9347-20.6812-77.5263
30.62730.1105-0.12630.5670.04460.38230.12060.02740.3445-0.1089-0.06730.5634-0.336-0.3356-0.12610.17610.3467-0.25410.04740.22390.371249.9628-33.8322-79.5271
45.24690.9722-2.8640.2725-0.63141.74860.2291-1.2134-0.20080.3298-0.2019-0.34330.17840.41310.06010.73540.202-0.11680.9343-0.28950.796960.8863-26.1127-44.4865
52.9684-1.15920.45373.09821.36474.28180.2296-0.39790.37660.0004-0.03910.0497-0.4212-0.1001-0.06720.42080.04090.09460.4102-0.07990.376451.2274-26.9239-51.4959
61.49111.7062-0.40113.1608-1.51113.62890.0942-0.1339-0.20230.2214-0.1390.15170.38660.1404-0.40420.32620.0322-0.05870.18130.1310.441362.0309-45.8211-73.6077
70.8024-0.43970.27940.6126-1.07292.4199-0.12250.06080.07650.0038-0.0878-0.1957-0.16890.11060.01781.1960.42650.32870.85970.18391.053443.6079-20.9837-103.323
80.41410.31190.35151.4663-0.92441.45080.11460.10250.1491-0.1704-0.09520.1283-0.1377-0.245-0.19310.54770.3804-0.09540.51440.05350.927533.4756-16.4135-84.1314
92.4225-0.30590.76270.87910.77731.3678-0.4449-0.5226-0.2360.40920.18060.30440.2516-0.4349-0.10060.69610.20910.02330.71850.00841.104417.2895-13.9461-79.0058
100.5079-0.2628-0.25611.0068-0.03640.4427-0.02880.03560.091-0.1106-0.06820.2238-0.0766-0.1574-0.30630.71040.5262-0.23250.6166-0.08971.279820.0347-1.0062-83.2927
110.34310.2327-0.11970.90830.08930.6752-0.0511-0.02210.1571-0.14340.07140.0248-0.223-0.08670.33740.5980.3377-0.14190.33930.38360.821331.5875-5.3709-93.8528
120.51550.44170.06740.50370.22450.3009-0.09460.51520.0971-0.02920.04240.3942-0.3997-0.3672-0.55010.65730.4001-0.32671.04940.17261.21545.4473-17.5714-110.8404
131.6888-0.3680.68691.2351-0.87390.73180.2584-0.6521-0.57520.0064-0.0478-0.02140.1193-0.1844-0.09620.56210.2926-0.42450.9156-0.18980.687511.6716-23.0028-107.7172
140.5636-0.04030.0550.61320.15630.23020.04650.21770.0035-0.169-0.09690.1204-0.1292-0.06060.06220.50710.5243-0.21790.69580.16960.766226.9595-20.0548-100.7373
150.8216-0.90.19191.0289-0.16350.8334-0.1410.1606-0.05230.0026-0.27330.06320.09080.1172-0.5980.60010.4881-0.32370.7174-0.12731.14386.9468-19.6558-99.1056
161.0039-1.6530.63272.7848-0.7721.5186-0.10630.1777-0.03570.0322-0.08320.11010.03810.1179-0.38840.48770.4228-0.06410.82710.02911.22419.7464-11.1397-92.8066
171.6394-1.4326-0.0981.2704-0.04280.9329-0.00450.08940.20850.0612-0.06030.1186-0.2236-0.2483-0.30140.45760.4386-0.02090.61360.0221.212711.5723-3.8138-85.2333
180.10690.00980.11560.0109-0.00710.1544-0.05210.09140.0907-0.0507-0.03520.1501-0.1202-0.1128-0.85590.42740.4371-0.25990.7210.12990.92385.117-16.0089-103.0329
191.4937-1.09120.61560.7955-0.45330.82050.107-0.0119-0.3549-0.03050.04470.2390.1156-0.11970.46650.40550.3401-0.1540.44640.09591.024817.1409-25.5257-91.5763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 19:73)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 74:134)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 135:262)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 263:274)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 285:417)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 418:436)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 20:25)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 26:53)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 54:73)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 74:94)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 95:130)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 131:151)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 158:174)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 180:212)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 215:252)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 255:275)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 276:325)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 330:354)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 360:380)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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