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Yorodumi- PDB-6veq: Con-Ins G1 in complex with the human insulin microreceptor in tur... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6veq | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Con-Ins G1 in complex with the human insulin microreceptor in turn in complex with Fv 83-7 | |||||||||
Components |
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Keywords | TOXIN | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / exocrine pancreas development ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / male sex determination / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / exocrine pancreas development / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / insulin binding / adrenal gland development / PTB domain binding / neuronal cell body membrane / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / regulation of embryonic development / insulin receptor substrate binding / positive regulation of receptor internalization / epidermis development / protein kinase activator activity / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / heart morphogenesis / transport across blood-brain barrier / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / dendrite membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / receptor-mediated endocytosis / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / learning / receptor protein-tyrosine kinase / hormone activity / caveola / receptor internalization / cellular response to growth factor stimulus / memory / male gonad development / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / insulin receptor signaling pathway / late endosome / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / protein autophosphorylation / toxin activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / axon / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() Conus geographus (geography cone) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.25 Å | |||||||||
Authors | Menting, J.G. / Chou, D.H.-C. / Lawrence, M.C. / Xiong, X. | |||||||||
| Funding support | Australia, United States, 2items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2020Title: A structurally minimized yet fully active insulin based on cone-snail venom insulin principles. Authors: Xiong, X. / Menting, J.G. / Disotuar, M.M. / Smith, N.A. / Delaine, C.A. / Ghabash, G. / Agrawal, R. / Wang, X. / He, X. / Fisher, S.J. / MacRaild, C.A. / Norton, R.S. / Gajewiak, J. / ...Authors: Xiong, X. / Menting, J.G. / Disotuar, M.M. / Smith, N.A. / Delaine, C.A. / Ghabash, G. / Agrawal, R. / Wang, X. / He, X. / Fisher, S.J. / MacRaild, C.A. / Norton, R.S. / Gajewiak, J. / Forbes, B.E. / Smith, B.J. / Safavi-Hemami, H. / Olivera, B. / Lawrence, M.C. / Chou, D.H. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6veq.cif.gz | 489.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6veq.ent.gz | 407.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6veq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6veq_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6veq_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 6veq_validation.xml.gz | 42.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6veq_validation.cif.gz | 56.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6veq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6veq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vepC ![]() 6vetC ![]() 4ogaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein/peptide , 3 types, 6 molecules AGBHFL
| #1: Protein/peptide | Mass: 2358.720 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 95-114 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Conus geographus (geography cone) / References: UniProt: A0A0B5AC95#2: Protein/peptide | Mass: 2802.083 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 30-52 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Conus geographus (geography cone) / References: UniProt: A0A0B5A8Q2#4: Protein/peptide | Mass: 1922.143 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 731-746 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human)References: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules CIDJ
| #5: Antibody | Mass: 15058.748 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Brevibacillus brevis (bacteria)#6: Antibody | Mass: 13367.913 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Brevibacillus brevis (bacteria) |
|---|
-Protein / Non-polymers , 2 types, 6 molecules EK

| #10: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Protein | Mass: 36231.762 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 28-337 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: INSR / Plasmid: pEE14 / Organ (production host): ovary / Production host: ![]() References: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase |
|---|
-Sugars , 3 types, 10 molecules 
| #7: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.81 Å3/Da / Density % sol: 74.45 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1.7 M ammonium sulphate 50 mM MOPS-NaOH (pH 7.0) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953646 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.953646 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.25→50 Å / Num. obs: 43876 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Net I/σ(I): 6.44 |
| Reflection shell | Resolution: 3.25→3.35 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 2.748 / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 3751 / CC1/2: 0.163 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4OGA Resolution: 3.25→48.146 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.98
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.25→48.146 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
Conus geographus (geography cone)
X-RAY DIFFRACTION
Australia,
United States, 2items
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