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- PDB-2y6t: Molecular Recognition of Chymotrypsin by the Serine Protease Inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y6t
タイトルMolecular Recognition of Chymotrypsin by the Serine Protease Inhibitor Ecotin from Yersinia pestis
要素
  • CHYMOTRYPSINOGEN A
  • ECOTIN
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. ...Ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ecotin / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)
BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Clark, E.A. / Walker, N. / Ford, D.C. / Cooper, I.A. / Oyston, P.C.F. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Recognition of Chymotrypsin by the Serine Protease Inhibitor Ecotin from Yersinia Pestis.
著者: Clark, E.A. / Walker, N. / Ford, D.C. / Cooper, I.A. / Oyston, P.C. / Acharya, K.R.
履歴
登録2011年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年3月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHYMOTRYPSINOGEN A
B: CHYMOTRYPSINOGEN A
C: CHYMOTRYPSINOGEN A
D: CHYMOTRYPSINOGEN A
E: ECOTIN
F: ECOTIN
G: ECOTIN
H: ECOTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,11712
ポリマ－169,7338
非ポリマー3844
水59433
1
A: CHYMOTRYPSINOGEN A
B: CHYMOTRYPSINOGEN A
E: ECOTIN
F: ECOTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0596
ポリマ－84,8664
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area32920 Å2
手法PISA
2
C: CHYMOTRYPSINOGEN A
D: CHYMOTRYPSINOGEN A
G: ECOTIN
H: ECOTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0596
ポリマ－84,8664
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-84.1 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.310, 48.278, 174.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CHYMOTRYPSINOGEN A / CHYMOTRYPSIN


分子量: 25686.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTIVATED BOVINE CHYMOTRYPSIN WAS PURCHASED FROM SIGMA-ALDRICH
由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質
ECOTIN


分子量: 16747.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)
株: YPIII / プラスミド: PCRT7/NT-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: B1JSA0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: RESERVOIR SOLUTION - 100 MM BIS TRIS PH 5.5, 200 MM AMMONIUM SULPHATE, 17.5% PEG3350. PROTEIN SOLUTION - 3 MG/ML ECOTIN, 6 MG/ML CHYMOTRYPSIN IN 5MM TRIS PH 7.5. DROP - 1:1 VOLUME RATIO RESERVOIR:PROTEIN.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→169.48 Å / Num. obs: 42247 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.27
反射 シェル解像度: 2.74→2.84 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.51 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4CHA AND 1ECZ

4cha

1ecz


解像度: 2.74→169.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / SU B: 18.243 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31444 2080 5.1 %RANDOM
Rwork0.24386 ---
obs0.24741 39088 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20.12 Å2
2--1.83 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→169.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11476 0 20 33 11529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9521.95215957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.41351501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50625.168447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.948151958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0261544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3031.57525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.562212137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52134208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9274.53820
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.739→2.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 147 -
Rwork0.32 2756 -
obs--93.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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