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- PDB-7cbk: Structure of Human Neutrophil Elastase Ecotin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cbk
タイトルStructure of Human Neutrophil Elastase Ecotin complex
要素
  • Ecotin
  • Neutrophil elastase
キーワードLYASE / Protease-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / cytokine binding / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / positive regulation of MAP kinase activity / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein catabolic process / defense response / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / intracellular calcium ion homeostasis / specific granule lumen / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / peptidase activity / heparin binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil elastase / Ecotin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Inhibition Mechanism of Ecotin against Neutrophil Elastase by Targeting the Active Site and Secondary Binding Site.
著者: Jobichen, C. / Prabhakar, M.T. / Loh, S.N. / Sivaraman, J.
履歴
登録2020年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ecotin
C: Ecotin
D: Neutrophil elastase
B: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,76812
ポリマ－93,5264
非ポリマー2,2418
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area32340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.192, 165.102, 63.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11 through 88 or resid 91 through 130 or resid 132 or resid 135 through 142))
21(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...
12(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...
22(chain D and (resid 16 through 243 or resid 406 through 411))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 11 through 88 or resid 91 through 130 or resid 132 or resid 135 through 142))A11 - 88
121(chain A and (resid 11 through 88 or resid 91 through 130 or resid 132 or resid 135 through 142))A91 - 130
131(chain A and (resid 11 through 88 or resid 91 through 130 or resid 132 or resid 135 through 142))A132
141(chain A and (resid 11 through 88 or resid 91 through 130 or resid 132 or resid 135 through 142))A135 - 142
211(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...C11 - 76
221(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...C77
231(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...C10 - 142
241(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...C10 - 142
251(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...C10 - 142
261(chain C and (resid 11 through 76 or (resid 77...C10 - 142
112(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...B16 - 62
122(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...B63 - 64
132(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...B16 - 511
142(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...B16 - 511
152(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...B16 - 511
162(chain B and (resid 16 through 62B or (resid 63...B16 - 511
212(chain D and (resid 16 through 243 or resid 406 through 411))D16 - 243
222(chain D and (resid 16 through 243 or resid 406 through 411))D406 - 411

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACDB

#1: タンパク質 Ecotin


分子量: 18214.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: eco, eti, b2209, JW2197
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P23827
#2: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 28549.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 183分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 23724 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 1127 / Rsym value: 0.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HNE, 1ECZ

1hne

1ecz


解像度: 2.7→24.426 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 1864 8.39 %
Rwork0.1991 20363 -
obs0.2047 22227 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.62 Å2 / Biso mean: 39.9462 Å2 / Biso min: 17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→24.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5332 0 145 179 5656
Biso mean--64.63 30.03 -
残基数----700
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A748X-RAY DIFFRACTION6.205TORSIONAL
12C748X-RAY DIFFRACTION6.205TORSIONAL
21B1388X-RAY DIFFRACTION6.205TORSIONAL
22D1388X-RAY DIFFRACTION6.205TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7002-2.77310.32321280.2645145690
2.7731-2.85460.36681300.2628149391
2.8546-2.94660.30861390.2659145990
2.9466-3.05170.30291440.2461154393
3.0517-3.17370.29181420.2454153095
3.1737-3.31780.29581460.2387160697
3.3178-3.49220.30031440.2132156797
3.4922-3.71030.2921470.2013160198
3.7103-3.99570.28881420.1785162898
3.9957-4.39570.21061470.1631157397
4.3957-5.02690.18871440.157163199
5.0269-6.31520.23571550.1745162799
6.3152-24.4260.24951560.17431649100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3285 Å / Origin y: 110.5259 Å / Origin z: 44.135 Å
111213212223313233
T0.2105 Å20.0013 Å2-0.0021 Å2-0.2679 Å20.0036 Å2--0.2167 Å2
L0.0112 °2-0.1521 °20.053 °2-1.6262 °2-0.2463 °2--0.0275 °2
S0.0027 Å °0.0422 Å °-0.0021 Å °-0.0663 Å °0.0144 Å °-0.0427 Å °0.0274 Å °0.0382 Å °-0.0102 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 142
2X-RAY DIFFRACTION1allC10 - 142
3X-RAY DIFFRACTION1allD16 - 243
4X-RAY DIFFRACTION1allD406 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allB16 - 511
6X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 195
8X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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