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- PDB-4cha: STRUCTURE OF ALPHA-*CHYMOTRYPSIN REFINED AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cha
タイトルSTRUCTURE OF ALPHA-*CHYMOTRYPSIN REFINED AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(ALPHA-CHYMOTRYPSIN A) x 3
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Tsukada, H. / Blow, D.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Structure of alpha-chymotrypsin refined at 1.68 A resolution.
著者: Tsukada, H. / Blow, D.M.
#1: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1976
タイトル: Structure and Mechanism of Chymotrypsin
著者: Blow, D.M.
#2: ジャーナル: Ann.N.Y.Acad.Sci. / 年: 1974
タイトル: The Active Centers of Serine Proteinases
著者: Hartley, B.S.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: Comparison of the Crystal Structures of Chymotrypsinogen-A and Alpha-Chymotrypsin
著者: Wright, H.T.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1972
タイトル: Structure of Crystalline Alpha-Chymotrypsin. V. The Atomic Structure of Tosyl-Alpha-Chymotrypsin at 2 Angstroms Resolution
著者: Birktoft, J.J. / Blow, D.M.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1972
タイトル: Structure of Crystalline Methyl-Chymotrypsin
著者: Wright, C.S. / Hess, G.P. / Blow, D.M.
#6: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Alpha-Chymotrypsin,What Can We Learn About Catalysis from X-Ray Diffraction (Query).
著者: Henderson, R. / Wright, C.S. / Hess, G.P. / Blow, D.M.
#7: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1971
タイトル: Chymotrypsin-Chemical Properties and Catalysis
著者: Hess, G.P.
#8: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1971
タイトル: The Structure of Chymotrypsin
著者: Blow, D.M.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970
タイトル: Structure of Crystalline Alpha-Chymotrypsin. Iv. The Structure of Indoleacryloyl-Alpha-Chymotrypsin and its Relevance to the Hydrolytic Mechanism of the Enzyme
著者: Henderson, R.
#10: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1970
タイトル: The Structure of Alpha-Chymotrypsin
著者: Birktoft, J.J. / Blow, D.M. / Henderson, R. / Steitz, T.A.
#11: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1969
タイトル: The Study of Alpha-Chymotrypsin by X-Ray Diffraction
著者: Blow, D.M.
#12: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1969
タイトル: Structure of Crystalline Alpha-Chymotrypsin. III. Crystallographic Studies of Substrates and Inhibitors Bound to the Active Site of Alpha-Chymotrypsin
著者: Steitz, T.A. / Henderson, R. / Blow, D.M.
#13: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1968
タイトル: Structure of Crystalline Alpha-Chymotrypsin. II. A Preliminary Report Including a Hypothesis for the Activation Mechanism
著者: Sigler, P.B. / Blow, D.M. / Matthews, B.W. / Henderson, R.
#14: ジャーナル: Nature / 年: 1967
タイトル: Three-Dimensional Structure of Tosyl-Alpha-Chymotrypsin
著者: Matthews, B.W. / Sigler, P.B. / Henderson, R. / Blow, D.M.
履歴
登録1984年11月26日処理サイト: BNL
改定 1.01985年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
B: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
C: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
E: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
F: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
G: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5256
ポリマ－50,5256
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16600 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.230, 67.390, 65.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.9158, 0.40163), (-1), (0.40163, -0.9158) / ベクター: -12.86, 61.36)
詳細4CHA THE TWO INDEPENDENT MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT HAVE 4CHA BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*. THE 4CHA TRANSFORMATION SUPPLIED IN THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL 4CHA GENERATE APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED 4CHA TO CHAIN *A*. 4CHA

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細4CHA THE ALPHA CHYMOTRYPSIN MOLECULE IS COMPRISED OF THREE 4CHA POLYPEPTIDE CHAINS WHICH ARE ...4CHA THE ALPHA CHYMOTRYPSIN MOLECULE IS COMPRISED OF THREE 4CHA POLYPEPTIDE CHAINS WHICH ARE DERIVED FROM THE ZYMOGEN OF 4CHA THIS ENZYME BY EXCISION OF RESIDUES 14-15 AND 147-148. TO 4CHA ASSIGN SEPARATE CHAIN IDENTIFIERS TO THE THREE CHAINS 4CHA WOULD OBSCURE THIS RELATIONSHIP AND SO THIS WAS NOT DONE. 4CHA CHAIN TERMINATOR RECORDS WERE INSERTED AFTER RESIDUES 146 4CHA AND 245 TO INDICATE EXPLICIT TERMINI AND THE SPECIAL CODE 4CHA EXC WAS USED IN THE SEQRES RECORDS TO DENOTE THE EXCISIONS. 4CHA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 4.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Mcitrate11
248 %satammonium sulfate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.68 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 32162 / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 44408 / Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

精密化最高解像度: 1.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 0 85 3591
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 35274 / σ(I): 3 / Rfactor obs: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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