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万見
- PDB-3gch: CHEMISTRY OF CAGED ENZYMES. BINDING OF PHOTOREVERSIBLE CINNAMATES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gch
タイトルCHEMISTRY OF CAGED ENZYMES. BINDING OF PHOTOREVERSIBLE CINNAMATES TO CHYMOTRYPSIN
要素(GAMMA-CHYMOTRYPSIN) x 3
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRANS-O-HYDROXY-ALPHA-METHYL CINNAMATE / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stoddard, B.L. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure and activity of two photoreversible cinnamates bound to chymotrypsin.
著者: Stoddard, B.L. / Bruhnke, J. / Porter, N. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Photolysis and Deacylation of Inhibited Chymotrypsin
著者: Stoddard, B.L. / Bruhnke, J. / Koenig, P. / Porter, N. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure of Chymotrypsin-Trifluoromethyl Ketone Inhibitor Complexes: Comparison of Slowly and Rapidly Equilibrating Inhibitors
著者: Brady, K. / Wei, A. / Ringe, D. / Abeles, R.H.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Inhibition of Chymotrypsin by Peptidyl Trifluoromethyl Ketones: Determinants of Slow-Binding Kinetics
著者: Brady, K. / Abeles, R.H.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Ph Dependence of the Inhibition of Chymotrypsin by a Peptidyl Trifluoromethyl Ketone
著者: Brady, K. / Liang, T.-C. / Abeles, R.H.
履歴
登録1989年9月25日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms ...database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
B: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4434
ポリマ－25,2633
非ポリマー1801
水1,36976
1
A: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
B: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子

A: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
B: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
C: GAMMA-CHYMOTRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8868
ポリマ－50,5256
非ポリマー3602
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.700, 69.700, 97.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GAMMA-CHYMOTRYPSIN


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: 化合物 ChemComp-OAC / TRANS-O-HYDROXY-ALPHA-METHYL CINNAMATE


分子量: 180.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlchymotorypsin1drop
210 mMsodium cacodylate1drop
30.75 %satcetyltrimethylammonium bromide1drop
445 %satammonium sulfate1drop
565 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 9635 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→50 Å /
Rfactor反射数
obs0.203 9635
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 12 76 1824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0260.025
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2210.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2150.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3090.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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