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- PDB-1cho: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURES OF THE COMPLEX OF ALPHA-*CHYMOTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cho
タイトルCRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURES OF THE COMPLEX OF ALPHA-*CHYMOTRYPSIN WITH ITS INHIBITOR TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • (ALPHA-CHYMOTRYPSIN A) x 3
  • TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN (OMTKY3)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / molecular function inhibitor activity / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / Read, R.J. / Ardelt, W. / Laskowskijunior, M. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal and molecular structures of the complex of alpha-chymotrypsin with its inhibitor turkey ovomucoid third domain at 1.8 A resolution.
著者: Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / Read, R.J. / Ardelt, W. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.
履歴
登録1988年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01988年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
F: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
G: ALPHA-CHYMOTRYPSIN A
I: TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN (OMTKY3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2894
ポリマ－31,2894
非ポリマー00
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.920, 54.520, 57.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: LYS E 36 - POOR DENSITY FOR ALL ATOMS BEYOND CG.
2: GLY E 74 THROUGH SER E 77 - POOR DENSITY FOR BOTH SIDE CHAIN AND MAIN CHAIN ATOMS. EXTERNAL LOOP.
3: LYS E 84 - POOR DENSITY FOR ALL ATOMS BEYOND CD. / 4: LYS E 87 - POOR DENSITY FOR ALL ATOMS BEYOND CG. / 5: LYS E 93 - POOR DENSITY FOR ALL ATOMS BEYOND CG. / 6: LEU E 97 - POOR DENSITY FOR ALL ATOMS BEYOND CB.
7: ALA E 149 AND ASN E 150 - N TERMINUS OF CHAIN 3 OF CHYMOTRYPSIN. VERY WEAK DENSITY FOR BOTH RESIDUES.
8: ARG E 154 - POOR DENSITY FOR CZ, NH1, NH2. / 9: LYS E 203 - POOR DENSITY FOR NZ. / 10: VAL I 4 - POOR DENSITY FOR MAIN CHAIN NITROGEN. / 11: LYS I 29 - POOR DENSITY FOR ATOMS BEYOND CD. / 12: LYS I 34 - AMBIGUOUS POSITIONING OF CD, CE, NZ.
13: LYS I 55 - POOR DENSITY FOR END OF SIDE CHAIN BEYOND CG.
14: RESIDUE PRO I 12 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#4: タンパク質 TURKEY OVOMUCOID THIRD DOMAIN (OMTKY3)


分子量: 6026.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P68390
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細1CHO THE ALPHA CHYMOTRYPSIN MOLECULE IS COMPRISED OF THREE 1CHO POLYPEPTIDE CHAINS WHICH ARE ...1CHO THE ALPHA CHYMOTRYPSIN MOLECULE IS COMPRISED OF THREE 1CHO POLYPEPTIDE CHAINS WHICH ARE DERIVED FROM THE ZYMOGEN OF 1CHO THIS ENZYME BY EXCISION OF RESIDUES 14-15 AND 147-148. TO 1CHO ASSIGN SEPARATE CHAIN IDENTIFIERS TO THE THREE CHAINS 1CHO WOULD OBSCURE THIS RELATIONSHIP AND SO THIS WAS NOT DONE. 1CHO CHAIN TERMINATOR RECORDS WERE INSERTED AFTER RESIDUES 146 1CHO AND 245 TO INDICATE EXPLICIT TERMINI AND THE SPECIAL CODE 1CHO EXC WAS USED IN THE SEQRES RECORDS TO DENOTE THE EXCISIONS. 1CHO
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.5 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度Crystal-IDSol-ID化学式
150 %sat1reservoir(NH4)2SO4
250 mM1reservoirK2HPO4

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 24883 / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Num. measured all: 27564

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→8 Å /
Rfactor反射数
obs0.168 19178
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 0 221 2371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.036
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.012
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1760.08
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.3310.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1880.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2360.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(I): 1 / 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 19178 / Rfactor obs: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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