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万見
- PDB-2x4r: Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to Cytomegaloviru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4r
タイトルCrystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to Cytomegalovirus (CMV) pp65 epitope
要素
  • 65 KDA PHOSPHOPROTEIN
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / HOST-VIRUS INTERACTION / GLYCATION / AMYLOIDOSIS / AMYLOID / PHOTOCLEAVABLE PEPTIDE / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tegument / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...viral tegument / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / 65 kDa phosphoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
HUMAN HERPESVIRUS 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Uv-Induced Ligand Exchange in Mhc Class I Protein Crystals.
著者: Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: 65 KDA PHOSPHOPROTEIN
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: 65 KDA PHOSPHOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,18215
ポリマ－89,3536
非ポリマー8299
水6,630368
1
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: 65 KDA PHOSPHOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,32110
ポリマ－44,6773
非ポリマー6457
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-24.9 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
2
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: 65 KDA PHOSPHOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8615
ポリマ－44,6773
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-22.9 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.735, 87.010, 79.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2.1 / HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / A-2 ALPHA CHAIN


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / BETA-2-MICROGLOBULIN FORM PI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XLI BLUE / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 65 KDA PHOSPHOPROTEIN / LOWER MATRIX PROTEIN PP65 / 64 KDA MATRIX PHOSPHOPROTEIN


分子量: 943.161 Da / 分子数: 2 / 断片: EPITOPE, RESIDUES 495-503 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN HERPESVIRUS 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P06725
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細INITIALIZING METHIONINE (B0 AND E0) ADDED TO SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9773
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9773 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.373
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 38302 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EEY

1eey


解像度: 2.3→19.978 Å / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 2011 5.3 %
Rwork0.1407 --
obs0.142 38228 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.942 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0204 Å20 Å2-0.2951 Å2
2--3.1384 Å20 Å2
3----2.1181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6298 0 54 368 6720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0738994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7382424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3007-2.35820.30751320.24242609X-RAY DIFFRACTION95
2.3582-2.42180.33831530.23062580X-RAY DIFFRACTION94
2.4218-2.49280.31641470.22162563X-RAY DIFFRACTION95
2.4928-2.57310.32371290.21362569X-RAY DIFFRACTION95
2.5731-2.66480.30121390.19822567X-RAY DIFFRACTION95
2.6648-2.77110.2721430.1922565X-RAY DIFFRACTION95
2.7711-2.89670.25431460.17572570X-RAY DIFFRACTION95
2.8967-3.04870.25641340.17252594X-RAY DIFFRACTION95
3.0487-3.23870.24861490.15122563X-RAY DIFFRACTION95
3.2387-3.4870.20751420.14142607X-RAY DIFFRACTION95
3.487-3.83480.22371470.11512566X-RAY DIFFRACTION95
3.8348-4.38250.1731550.09052576X-RAY DIFFRACTION94
4.3825-5.49480.16961490.08262588X-RAY DIFFRACTION94
5.4948-17.87550.18171440.11832642X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2453-0.04960.94061.56580.27852.61270.0014-0.2643-0.05030.12780.10330.30670.0024-0.204500.13330.02180.06660.14620.05590.11325.56562.671219.6558
22.07440.203-0.01581.6402-0.74671.18710.17850.09080.1535-0.0715-0.0833-0.2571-0.29320.3160.00320.18410.00750.04650.20350.0260.114236.94437.01074.0454
31.90010.8555-0.4951.88730.27391.3634-0.03560.0502-0.6033-0.1042-0.0025-0.1490.19270.1284-0.00020.19140.02470.01050.09360.00260.234826.688-11.59411.4165
42.52490.17050.23741.2401-0.49381.81090.01-0.2075-0.0150.12110.0014-0.3468-0.04680.10670.00020.12250.0202-0.00560.1461-0.06720.152225.956539.172435.1823
52.14760.5419-0.39211.1064-0.30781.07920.02670.2627-0.0136-0.15020.11140.30250.1275-0.0591-0.00020.2185-0.0126-0.01260.2081-0.02910.2078-5.895334.569819.4969
61.64560.4620.71031.5668-0.27241.1255-0.01950.03340.3451-0.0475-0.01750.239-0.2058-0.09740.00030.1617-0.00550.07370.1438-0.01020.17474.55553.097126.4499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID :180)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 181:275)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 0:)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID :180)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN D AND RESID 181:275)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN E AND RESID 0:99)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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