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万見
- PDB-2wkz: HIV-1 Protease Inhibitors Containing a Tertiary Alcohol in the Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkz
タイトルHIV-1 Protease Inhibitors Containing a Tertiary Alcohol in the Transition-State Mimic with Improved Cell-Based Antiviral Activity
要素PROTEASE
キーワードHYDROLASE / TRANSITION-STATE MIMIC / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5AH / Gag-Pol polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mahalingam, A.K. / Axelsson, L. / Ekegren, J.K. / Wannberg, J. / Kihlstrom, J. / Wallberg, H. / Samuelsson, B. / Larhed, M. / Hallberg, A. / Unge, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: HIV-1 Protease Inhibitors with a Transition-State Mimic Comprising a Tertiary Alcohol: Improved Antiviral Activity in Cells.
著者: Mahalingam, A.K. / Axelsson, L. / Ekegren, J.K. / Wannberg, J. / Kihlstr, J. / Unge, T. / Wallberg, H. / Samuelsson, B. / Larhed, M. / Hallberg, A.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references / Source and taxonomy ...Database references / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE
B: PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3013
ポリマ－21,6082
非ポリマー6941
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-22.4 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.420, 86.080, 46.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE / RETROPEPSIN / PR / HIV-1 PROTEASE


分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 501-599 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH INHIBITOR COMPOUND AHA599
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (Z2/CDC-Z34 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
Variant: GROUP M SUBTYPE D / プラスミド: PEXP5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: P03366, UniProt: P12499*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-5AH / METHYL [(1S)-1-({2-[(3S)-3-BENZYL-3-HYDROXY-4-{[(1S,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL]AMINO}-4-OXOBUTYL]-2-(4-PYRIDIN-2-YLBENZYL)HYDRAZINO}CARBONYL)-2,2-DIMETHYLPROPYL]CARBAMATE


分子量: 693.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H47N5O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: PROTEASE 2 MG/ML PRECIPITANT 0.7 M NACL, 100 MM MES PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 1.06
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 26363 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D4J

1d4j


解像度: 1.7→45 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2516 1312 5 %RANDOM
Rwork0.2288 ---
obs0.2288 26363 99.5 %-
溶媒の処理Bsol: 41.7359 Å2 / ksol: 0.373272 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.468 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.581 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 51 170 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006509
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26172
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 209 4.8 %
Rwork0.242 4118 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1559.PAR559.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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