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- PDB-2vlj: The Structural Dynamics and Energetics of an Immunodominant T-cel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vlj
タイトルThe Structural Dynamics and Energetics of an Immunodominant T-cell Receptor are Programmed by its Vbeta Domain
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • FLU MATRIX PEPTIDE
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
  • JM22 TCR ALPHA CHAIN
  • JM22 TCR BETA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR-COMPLEX / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / HOST-VIRUS INTERACTION / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / IMMUNE RESPONSE / IMMUNODOMINANCE / DISEASE MUTATION / MEMBRANE / SECRETED / RECEPTOR / GLYCATION / TCR / FLU / MHC / MHC I / T-CELL / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ishizuka, J. / Stewart-Jones, G. / Van Der Merwe, A. / Bell, J. / Mcmichael, A. / Jones, Y.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2008
タイトル: The Structural Dynamics and Energetics of an Immunodominant T-Cell Receptor are Programmed by its Vbeta Domain
著者: Ishizuka, J. / Stewart-Jones, G. / Van Der Merwe, A. / Bell, J. / Mcmichael, A. / Jones, Y.
履歴
登録2008年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: FLU MATRIX PEPTIDE
D: JM22 TCR ALPHA CHAIN
E: JM22 TCR BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6075
ポリマ－94,6075
非ポリマー00
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-69.1 kcal/mol
Surface area46370 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)177.741, 48.384, 119.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN / MHC CLASS I ANTIGEN A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 断片: HLA-A2, RESIDUES 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 JM22 TCR ALPHA CHAIN


分子量: 22040.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#5: タンパク質 JM22 TCR BETA CHAIN


分子量: 27769.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 329分子 C

#3: タンパク質・ペプチド FLU MATRIX PEPTIDE


分子量: 966.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 37484 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→112.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 18.482 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1877 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.2 35567 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.75 Å20 Å2-3.4 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----4.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→112.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6618 0 0 328 6946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0216797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.9329226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3325819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76423.948347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.303151104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7811546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.22671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7271.54218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26626623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96832996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0674.52603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.391 123
Rwork0.249 2206
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87090.00160.54061.3988-0.21341.3424-0.0289-0.0491-0.02-0.01270.0719-0.11380.01750.0784-0.043-0.0547-0.00660.0085-0.1119-0.0124-0.16134.4817-11.985792.7241
27.0332-5.55272.0288.5634-1.14834.21180.0558-0.3725-0.38320.0250.218-0.05870.82060.3172-0.2738-0.02060.1088-0.0131-0.056-0.0134-0.139435.3079-26.5195100.6801
37.1706-0.05591.34953.20850.01862.7439-0.2702-0.48290.24390.24190.3154-0.4981-0.18120.1555-0.0452-0.06310.0746-0.0852-0.008-0.119-0.139424.0462-10.0657111.2149
45.0342-0.22434.79580.01-0.21364.5687-0.30590.0850.2006-0.6960.18910.18950.2216-0.030.11680.04590.0247-0.0172-0.08520.0047-0.0365-3.4413-10.781790.0596
51.3794-0.05711.02580.68960.06622.1370.02730.04220.0794-0.07380.03020.08540.0641-0.051-0.0575-0.0353-0.0457-0.0005-0.0740.0358-0.065-20.997-13.346967.535
64.395-1.18161.12595.65842.82357.9550.17750.32660.2801-0.3841-0.38070.1736-0.4418-0.26160.2032-0.19690.09990.0462-0.0216-0.0446-0.1814-46.99954.277853.5781
72.9892-1.97180.44184.2583-0.29630.5311-0.1945-0.14470.16350.20740.14640.0121-0.2269-0.05490.0482-0.0351-0.02410.0315-0.0683-0.0183-0.1023-21.00243.008285.0887
84.90072.08362.48713.76842.50014.292-0.13630.13010.29790.4038-0.29830.53810.1381-0.43590.4346-0.1751-0.02640.179-0.0699-0.0712-0.0105-49.38797.437370.5704
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5D3 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6D116 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7E5 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8E116 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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