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- PDB-2iwe: Structure of a cavity mutant (H117G) of Pseudomonas aeruginosa azurin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iwe
タイトルStructure of a cavity mutant (H117G) of Pseudomonas aeruginosa azurin
要素AZURIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / BLUE COPPER PROTEIN / REDOX PROTEIN / METAL-BINDING / AZURIN / TRANSPORT / PERIPLASMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1'-HEXANE-1,6-DIYLBIS(1H-IMIDAZOLE) / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者De Jongh, T.E. / Van Roon, A.M.M. / Prudencio, M. / Ubbink, M. / Canters, G.W.
引用ジャーナル: Eur.J.Inorg.Chem. / 年: 2006
タイトル: Click-Chemistry with an Active Site Variant of Azurin
著者: De Jongh, T.E. / Van Roon, A.M.M. / Prudencio, M. / Ubbink, M. / Canters, G.W.
履歴
登録2006年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AZURIN
D: AZURIN
G: AZURIN
J: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,22110
ポリマ－55,5234
非ポリマー6986
水543
1
A: AZURIN
J: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1115
ポリマ－27,7612
非ポリマー3493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-81.5 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
2
D: AZURIN
G: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1115
ポリマ－27,7612
非ポリマー3493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-81.4 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.664, 49.718, 66.065
Angle α, β, γ (deg.)109.25, 94.96, 99.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 114 / Label seq-ID: 1 - 114

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2DB
3GC
4JD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.575, 0.324, 0.751), (0.271, 0.791, -0.549), (-0.772, 0.519, 0.367)10.184, -10.517, 29.049
2given(-0.712, -0.216, 0.669), (-0.179, -0.865, -0.469), (0.679, -0.454, 0.577)-24.13135, -21.849, 3.5338
3given(0.038, -0.723, 0.689), (-0.732, -0.49, -0.474), (0.68, -0.487, -0.548)-7.38483, -36.93147, 37.0815

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要素

#1: タンパク質
AZURIN


分子量: 13880.704 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DIMERIZED BY COORDINATION OF A BIFUNCTIONAL LIGAND WIRE 1,6-DI(IMIDAZOL-1-YL)HEXANE
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PGK22 (PUC18 DERIVED) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-2IH / 1,1'-HEXANE-1,6-DIYLBIS(1H-IMIDAZOLE) / 1,6-DI(IMIDAZOL-1-YL)HEXANE / 1,1′-(1,6-ヘキサンジイル)ビス(1H-イミダゾ-ル)


分子量: 218.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細AZURIN, FOUND IN BACTERIA, IS THOUGHT TO TRANSFER ELECTRONS FROM CYTOCHROME C551 TO CYTOCHROME ...AZURIN, FOUND IN BACTERIA, IS THOUGHT TO TRANSFER ELECTRONS FROM CYTOCHROME C551 TO CYTOCHROME OXIDASE. ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 137 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 137 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, HIS 137 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, HIS 137 TO GLY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR78 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→60 Å / Num. obs: 10566 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 36

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E67

1e67


解像度: 2.83→61.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 44.56 / SU ML: 0.378 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE LOOP COMPRISING RESIDUES 116-121 IN CHAIN A IS MODELED IN A DOUBLE CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 494 4.75 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 10566 88.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.791 Å2-3.624 Å2-0.822 Å2
2---1.062 Å20.363 Å2
3---0.786 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→61.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3872 0 36 3 3911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.071.9655409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8665515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46926.585164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9115710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.491154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.31803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.52758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.5209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3160.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.54322620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44534108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46421546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.11731301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 873 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.090.05
2Dtight positional0.080.05
3Gtight positional0.130.05
4Jtight positional0.080.05
1Atight thermal0.170.5
2Dtight thermal0.140.5
3Gtight thermal0.140.5
4Jtight thermal0.160.5
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.9 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.45 14
Rwork0.33 340
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.16595.6861-0.00698.85480.56172.670.1118-0.09760.34310.0315-0.13390.45980.18660.07530.0221-0.27390.19280.0587-0.25620.0004-0.15540.3890.363-0.077
25.51341.8956-1.17024.4223-1.39213.7302-0.18570.28330.0359-0.27620.24210.214-0.07030.0585-0.05640.2803-0.3368-0.09370.13450.0602-0.243810.487-10.08728.86
33.53441.8854-0.73228.0482-0.75155.2819-0.45280.288-0.0288-0.56480.5789-0.37330.25570.1188-0.12610.0415-0.191-0.06780.04920.0036-0.2126-7.65-37.3437.186
47.02386.0082-1.09529.4009-1.57362.18680.2571-0.33691.010.4807-0.3651.515-0.14780.06870.1079-0.22630.15380.1258-0.1995-0.15640.3943-24.743-22.5343.517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3G1 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4J1 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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