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- PDB-6u33: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u33 | ||||||
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Title | Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus | ||||||
![]() | Bi-component leukocidin LukED subunit D | ||||||
![]() | TOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA | ||||||
Function / homology | ![]() hemolysis in another organism / cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence. Authors: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 140.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 108.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 422.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 423.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6u2sC ![]() 6u3fC ![]() 6u3tC ![]() 6u3yC ![]() 6u49C ![]() 6u4pC ![]() 1lkfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 34200.523 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-327 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: lukNF, lukD, BTN44_02870, EP54_14125, EQ90_10595, ER624_13605, HMPREF3211_01500, NCTC10654_01892, NCTC13131_06007, RK64_09800 Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NI / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 12 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4 against reservoir solution of 20% PEG2000 MME, 10 mM nickel chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 27, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→57.3 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1505 / CC1/2: 0.938 / % possible all: 58.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1LKF Resolution: 1.75→57.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.856 / SU ML: 0.078 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116 / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.81 Å2 / Biso mean: 28.224 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→57.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.794 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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