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- PDB-6u49: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u49

タイトル

Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus

要素

Alpha-hemolysin

キーワード

TOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence.
著者: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

履歴

登録	2019年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u49.cif.gz	849 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u49.ent.gz	710.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u49	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u2sC 6u33C 6u3fC 6u3tC 6u3yC 6u4pC 7ahlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3anz-2 7ahl-d 3m3r-d 6u4p-d 3anz-1 3m2l-d 3m4d-d 3anz-4 3m4e-d 3anz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (9) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (9)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

A: Alpha-hemolysin

B: Alpha-hemolysin

C: Alpha-hemolysin

D: Alpha-hemolysin

E: Alpha-hemolysin

F: Alpha-hemolysin

G: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

242 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.366, 135.044, 132.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 293 / Label seq-ID: 1 - 293

NCSアンサンブル:

-
要素

#1: タンパク質	Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin 分子量: 33290.000 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 27-319 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hly, hla / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
#2: 化合物	... ChemComp-PQJ / fos-choline-14 / tetradecyl 2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl hydrogen phosphate 分子量: 380.523 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₄₃NO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4, 15 mM Fos-Choline-14, 30 mM beta-OG against reservoir solution of 2 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.886 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→132.4 Å / Num. obs: 103631 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.925 / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7554 / CC_1/2: 0.715

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7AHL

7ahl

解像度: 2.35→132.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 15.888 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2395	5010	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1939	-	-	-
obs	0.1962	98621	94.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.83 Å² / B_iso mean: 46.182 Å² / B_iso min: 21.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9 Å²	0 Å²	-1.33 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→132.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16415	0	269	857	17541
B_iso mean	-	-	68.95	40.02	-
残基数	-	-	-	-	2051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	17022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.272	1.948	23073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.768	5	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.32	25.214	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.75	15	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.476	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	12796

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18466	0.07
1	2	B	18466	0.07
2	1	A	18474	0.07
2	2	C	18474	0.07
3	1	A	18432	0.07
3	2	D	18432	0.07
4	1	A	18456	0.07
4	2	E	18456	0.07
5	1	A	18326	0.07
5	2	F	18326	0.07
6	1	A	18456	0.06
6	2	G	18456	0.06
7	1	B	18482	0.06
7	2	C	18482	0.06
8	1	B	18398	0.07
8	2	D	18398	0.07
9	1	B	18480	0.07
9	2	E	18480	0.07
10	1	B	18348	0.06
10	2	F	18348	0.06
11	1	B	18442	0.06
11	2	G	18442	0.06
12	1	C	18378	0.07
12	2	D	18378	0.07
13	1	C	18542	0.07
13	2	E	18542	0.07
14	1	C	18296	0.07
14	2	F	18296	0.07
15	1	C	18482	0.05
15	2	G	18482	0.05
16	1	D	18342	0.07
16	2	E	18342	0.07
17	1	D	18406	0.07
17	2	F	18406	0.07
18	1	D	18414	0.06
18	2	G	18414	0.06
19	1	E	18408	0.07
19	2	F	18408	0.07
20	1	E	18354	0.07
20	2	G	18354	0.07
21	1	F	18306	0.07
21	2	G	18306	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	379	-
R_work	0.261	7175	-
all	-	7554	-
obs	-	-	93.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0244	-0.5914	-2.2717	10.7723	-10.0104	31.3765	0.3172	0.0957	0.632	0.2575	-0.1134	-0.1471	-1.3922	-0.3454	-0.2038	0.1032	0.0098	-0.0134	0.0645	-0.0318	0.3564	-5.6646	23.3211	43.494
2	16.7706	13.4681	0.3595	13.111	1.0081	3.433	0.392	-0.1714	0.1881	0.1207	-0.3356	0.0838	-0.2943	-0.1255	-0.0564	0.1346	-0.0088	0.0314	0.1235	-0.0054	0.2	0.3249	29.6845	47.2756
3	4.776	-5.5147	4.8192	13.7184	-9.9024	10.8398	-0.1313	0.0556	0.1562	0.0865	-0.0615	-0.331	-0.0124	0.0047	0.1929	0.1384	-0.0299	0.0339	0.2079	-0.0691	0.196	4.4299	55.7235	40.169
4	0.5181	0.4978	0.1119	0.7847	0.381	0.2805	0.0488	0.0192	-0.0168	0.074	-0	-0.1413	0.0498	-0.0265	-0.0488	0.1211	0.0123	0.0619	0.1295	0.0139	0.3053	5.9883	48.7821	39.4723
5	4.4289	-3.5993	2.403	5.9895	-2.4979	2.612	-0.0156	-0.073	0.0348	0.1302	-0.0473	-0.1782	-0.0121	0.0041	0.0629	0.1262	-0.0231	0.0361	0.1773	-0.0159	0.1943	1.1559	51.0591	34.5313
6	9.0139	-3.6768	4.0429	4.6299	2.4515	7.4035	-0.4103	0.4376	1.7836	-0.2814	-0.2959	-1.0374	-0.7254	-0.0427	0.7062	0.3521	-0.1546	-0.0338	0.2034	0.0301	0.8493	-15.6189	70.5693	14.3574
7	4.7712	-2.2173	2.4727	2.7863	-0.8125	1.3809	0.2966	0.6618	0.2728	-0.4177	-0.3475	-0.1633	0.0675	0.3187	0.051	0.1825	-0.0046	0.1095	0.2591	0.0691	0.1849	-6.5443	58.2016	18.4636
8	0.648	0.5022	1.0827	1.928	0.9827	1.8692	-0.0231	-0.0555	0.2331	-0.0119	-0.2199	0.1901	0.0212	-0.0941	0.2431	0.1718	0.0244	0.0724	0.1418	-0.0156	0.3496	-5.343	37.9101	27.4146
9	26.3923	-0.5447	11.4943	0.0733	-0.2665	5.026	-0.134	-0.1812	-0.1362	-0.0788	0.1354	-0.0136	-0.0175	-0.1296	-0.0014	0.2389	-0.0831	0.0275	0.2824	-0.0109	0.2744	-50.1058	24.1295	15.4231
10	31.2717	-8.2218	2.5698	3.3935	-0.116	0.7275	0.4657	1.0994	0.3109	-0.4223	-0.3776	0.1468	0.0309	-0.0864	-0.0881	0.2136	-0.0487	-0.109	0.215	0.0549	0.2765	-66.0936	27.2441	8.7538
11	0.1147	-0.2237	-0.2829	1.0204	0.2588	0.8583	0.0094	0.0479	-0.0154	-0.053	-0.0604	0.1139	0.015	-0.1262	0.0509	0.1624	0.0095	0.0494	0.149	-0.0032	0.2189	-15.6994	40.368	21.4378
12	13.6798	-2.4454	5.8606	2.6866	-1.3906	3.0627	-0.066	0.5162	0.0806	-0.1522	-0.0209	-0.0782	-0.0787	0.1411	0.0869	0.1339	0.0127	0.0333	0.1608	0.0009	0.1253	-9.059	48.8002	21.9559
13	1.8546	0.0722	-0.2993	2.3272	-0.2039	1.2509	0.0569	0.4859	-0.1166	-0.2534	-0.0332	0.2731	-0.1813	-0.1325	-0.0238	0.0824	0.0509	0.0088	0.1743	0.037	0.166	-26.4413	56.7889	11.7983
14	0.7927	0.3713	-0.5801	0.3491	0.0203	0.9414	-0.0108	0.1798	0.1687	-0.0687	0.0433	0.1496	-0.1839	-0.2083	-0.0325	0.2354	0.0249	0.0533	0.1262	0.0132	0.2483	-15.209	59.4493	24.3479
15	21.569	7.8411	-8.9067	11.6048	-5.8554	12.2328	-0.0683	0.1117	-0.4433	-0.2784	-0.0056	-0.7633	0.3338	0.6477	0.0739	0.1754	0.0135	-0.0019	0.1537	-0.0467	0.2119	21.9457	40.7588	37.1399
16	5.5476	-5.6105	0.7423	6.5366	-1.411	0.6077	-0.1283	-0.0505	0.282	0.3306	-0.0088	-0.4323	-0.1809	0.0147	0.137	0.1458	-0.0199	0.0448	0.1815	-0.0141	0.19	11.0236	52.3298	30.4153
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	89 - 93
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	94 - 116
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	117 - 121
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	122 - 157
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	158 - 166
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	167 - 197
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	198 - 205
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	206 - 234
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	235 - 243
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	1 - 11
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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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