PDB-3m3r: Crystal structure of the M113F alpha-hemolysin mutant complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m3r

タイトル

Crystal structure of the M113F alpha-hemolysin mutant complexed with beta-cyclodextrin

要素

Alpha-hemolysin

キーワード

CELL INVASION / beta barrel / cytolytic protein / Cytolysis / Hemolysis / Secreted / Toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Montoya, M. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular bases of cyclodextrin adapter interactions with engineered protein nanopores.
著者: Banerjee, A. / Mikhailova, E. / Cheley, S. / Gu, L.Q. / Montoya, M. / Nagaoka, Y. / Gouaux, E. / Bayley, H.

履歴

登録	2010年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月6日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m3r.cif.gz	407.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m3r.ent.gz	338.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m2lC 3m4dC 3m4eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u49-d 6u4p-d 7ahl-d 3anz-2 3m2l-d 3anz-1 3anz-4 3m4d-d 3anz-3 3m4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-hemolysin

B: Alpha-hemolysin

C: Alpha-hemolysin

D: Alpha-hemolysin

E: Alpha-hemolysin

F: Alpha-hemolysin

G: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

235 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.67, 135.40, 133.01
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90.77, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin

分子量: 33305.980 Da / 分子数: 7 / 変異: M139F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: hla, hly / 発現宿主:

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株 (発現宿主): DU1090 / 参照: UniProt: P09616

#2: 多糖

Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 122571

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.2→20 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	-	-
R_work	0.242	-	-
obs	-	122571	90 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16436	0	154	241	16831

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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