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万見
- PDB-1w7u: Photoproduct of the Wild-Type Aequorea victoria Green Fluorescent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w7u
タイトルPhotoproduct of the Wild-Type Aequorea victoria Green Fluorescent Protein after structural annealing at 170K
要素GREEN FLUORESCENT PROTEIN
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / BETA-BARREL / BIOLUMINESCENCE / PHOTOPRODUCT
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 ...Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Van Thor, J.J. / Georgiev, G.Y. / Towrie, M. / Sage, J.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Ultrafast and Low Barrier Motions in the Photoreactions of the Green Fluorescent Protein
著者: Van Thor, J.J. / Georgiev, G.Y. / Towrie, M. / Sage, J.T.
履歴
登録2004年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 12-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" AND "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 10-STRANDED BARRELS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5494
ポリマ－107,5494
非ポリマー00
水16,520917
1
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN

A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,0998
ポリマ－215,0998
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area14910 Å2
ΔGint-75.4 kcal/mol
Surface area88870 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)155.273, 52.705, 141.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
GREEN FLUORESCENT PROTEIN


分子量: 26887.346 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CHROMOPHORE (GYS, 5-(1-AMINO-2-HYDROXYETHYL)-1-CARBOXYMETHYL-3-((P-HYDROXYPHENYL)-METHYLENE)-IMIDAZOL-2-ONE)IS PART OF THE PEPTIDE CHAIN BETWEEN RESIDUES 64 AND 68.
由来: (組換発現) AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A, B, C, D, GLN 80 ARG
配列の詳細MODRES: GLU 222 SIDECHAIN IS SPECIFICALLY DECARBOXYLATED AS A RESULT OF PHOTOTRANSFORMATION. OE1, ...MODRES: GLU 222 SIDECHAIN IS SPECIFICALLY DECARBOXYLATED AS A RESULT OF PHOTOTRANSFORMATION. OE1, OE2, CD ATOMS ARE NOT PRESENT FOR THIS RESIDUE IN ALL CHAINS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.8
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 4C FROM 50 MM MGCL2, 14-17 % PEG3350 AND 50-100 MM TRIS/CL PH 7.8 - 8.6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97809
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月8日 / 詳細: RH COATED SILICON MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.15 Å / Num. obs: 85637 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HCJ

1hcj


解像度: 1.85→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.84 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 4166 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.182 79055 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.04 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→119.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7302 0 0 917 8219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.95610099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.231315416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4725899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.21234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.27811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24422
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1440.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3750.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8181.54488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62627258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66432988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4374.52840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.24 242
Rwork0.198 4554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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