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- PDB-3noy: Crystal structure of IspG (gcpE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3noy
タイトルCrystal structure of IspG (gcpE)
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase(E)-4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸シンターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Iron-sulfur protein (鉄硫黄タンパク質) / non-mevalonate pathway (非メバロン酸経路) / terpene biosynthesis / isoprenoid biosynthesis / TIM-barrel N-domain / Ferredoxin C-domain / Converts 2C-methyl-D-erythritol 2 / 4-cyclodiphosphate (ME-2 / 4cPP) / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate / Cytosol (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


(E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel ...4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Groll, M. / Graewert, T. / Bacher, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Biosynthesis of isoprenoids: crystal structure of the [4Fe-4S] cluster protein IspG.
著者: Lee, M. / Grawert, T. / Quitterer, F. / Rohdich, F. / Eppinger, J. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Groll, M.
履歴
登録2010年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
C: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
D: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5658
ポリマ－161,1594
非ポリマー1,4074
水4,450247
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2834
ポリマ－80,5792
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30070 Å2
手法PISA
2
C: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
D: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2834
ポリマ－80,5792
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.700, 119.010, 63.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / (E)-4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニル二リン酸シンターゼ / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 40289.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_1540, gcpE, ispG / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O67496, EC: 1.17.7.1
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM Bis-Tris, 9% PEG 8000, 17mM SrCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.7362, 1.7421, 1.7122
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: Plane Grating Monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73621
21.74211
31.71221
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 55518 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 10138 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 30.803 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26614 2478 5 %RANDOM
Rwork0.22147 ---
all0.22375 47122 --
obs0.22375 47078 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.61 Å20 Å2-1.28 Å2
2--2.29 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10787 0 32 247 11066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0021.98714836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9951397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5524.207435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.387152100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.431580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4681.56925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.844211208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.63834078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1454.53580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.518311003
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free0.8583247
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.273310819
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 180 -
Rwork0.275 3420 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6782-0.13940.71260.3314-0.42981.29040.00270.03230.037-0.0636-0.0720.06330.0950.24480.06920.21840.06530.03780.16490.03160.1109-39.04417.71727.563
21.5409-0.55330.73030.349-0.37131.2929-0.0444-0.07840.30190.0593-0.0178-0.0936-0.18730.30650.06220.1874-0.0498-0.02180.2214-0.01250.1757-30.78341.63545.646
31.50990.4312-0.4980.2096-0.31450.54540.0958-0.0266-0.0811-0.0006-0.05210.0353-0.01230.1444-0.04380.242-0.0449-0.01280.1378-0.05220.1655-41.257-10.0399.358
42.08511.0261-0.13230.593-0.12830.62080.05730.1082-0.5355-0.060.0996-0.29040.22130.2176-0.15690.32840.0789-0.00320.165-0.17580.3434-30.461-34.502-6.706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 351
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 351
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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