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- PDB-6m5e: Human serum albumin with cyclic peptide dalbavancin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5e
タイトルHuman serum albumin with cyclic peptide dalbavancin
要素
  • (dalbavancin) x 2
  • Serum albumin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Transporter / Cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F8F / 2-amino-2-deoxy-beta-D-altropyranuronic acid / Chem-JEF / 10-METHYLUNDECANOIC ACID / alpha-D-mannopyranose / beta-L-allopyranose / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ito, S. / Senoo, A. / Nagatoishi, S. / Ohue, M. / Yamamoto, M. / Tsumoto, K. / Wakui, N.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101001 (Support number 1851) 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Mechanism of Human Serum Albumin Complexed with Cyclic Peptide Dalbavancin.
著者: Ito, S. / Senoo, A. / Nagatoishi, S. / Ohue, M. / Yamamoto, M. / Tsumoto, K. / Wakui, N.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
C: Serum albumin
F: dalbavancin
G: dalbavancin
H: dalbavancin
I: dalbavancin
J: dalbavancin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,69529
ポリマ－206,2408
非ポリマー6,45521
水543
1
A: Serum albumin
F: dalbavancin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6467
ポリマ－67,8762
非ポリマー1,7695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
G: dalbavancin
J: dalbavancin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,52411
ポリマ－69,1823
非ポリマー2,3438
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serum albumin
H: dalbavancin
I: dalbavancin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,52411
ポリマ－69,1823
非ポリマー2,3438
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.050, 125.680, 125.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...
21(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...
31(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVAL(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 3102 - 310
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA311311
13ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
14ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
15ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
16ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
17ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
18ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
19ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 310 or (resid 311...AA2 - 5822 - 582
21ALAALAVALVAL(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 3102 - 310
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB311311
23ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
24ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
25ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
26ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
27ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
28ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
29ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 310 or (resid 311...BB2 - 5822 - 582
31ALAALACYSCYS(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...CC2 - 3162 - 316
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...CC317317
33ALAALAALAALA(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...CC2 - 5822 - 582
34ALAALAALAALA(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...CC2 - 5822 - 582
35ALAALAALAALA(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...CC2 - 5822 - 582
36ALAALAALAALA(chain C and (resid 2 through 316 or (resid 317...CC2 - 5822 - 582

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 FGHIJ

#2: タンパク質・ペプチド dalbavancin


分子量: 1305.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド dalbavancin


分子量: 1305.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 3種, 7分子

#7: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-F8X / 2-amino-2-deoxy-beta-D-altropyranuronic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 193.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO6
#9: 糖 ChemComp-WOO / beta-L-allopyranose / beta-L-allose / L-allose / allose / 6α-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2α,3β,4β,5β-テトラオ-ル


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
LAllpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-allopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-AllpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AllSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#4: 化合物
ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#5: 化合物 ChemComp-F8F / (2S,5S)-5-azanyl-3,4,6-tris(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid


分子量: 193.155 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO6
#6: 化合物
ChemComp-M12 / 10-METHYLUNDECANOIC ACID / 10-メチルウンデカン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0 30 % v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.78 Å / Num. obs: 75497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.012 % / Biso Wilson estimate: 56.968 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.468 / Rrim(I) all: 0.479 / Χ2: 1.251 / Net I/σ(I): 9.27 / Num. measured all: 1661847 / Scaling rejects: 333
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.9721.4644.5611.0226084712153121530.5044.67100
2.97-3.1720.8072.2631.8223341111218112180.7282.319100
3.17-3.4321.941.1893.5523997810938109380.8921.217100
3.43-3.7623.2390.6546.7228560983598350.9610.668100
3.76-4.222.9480.37811.11202816883888380.9840.386100
4.2-4.8522.5260.24316.55176314782778270.9910.249100
4.85-5.9420.6240.22316.45137026664466440.9920.229100
5.94-8.422.3330.1621.89115641517851780.9970.164100
8.4-45.7823.4660.139.1667254288528660.9980.10299.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.3 Å49.26 Å
Translation4.3 Å49.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ao6

1ao6


解像度: 2.8→45.78 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 3775 5 %
Rwork0.1799 71702 -
obs0.1824 75477 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 232.32 Å2 / Biso mean: 66.0602 Å2 / Biso min: 21.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13840 0 1392 3 15235
Biso mean--93.58 57.04 -
残基数----1743
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8453X-RAY DIFFRACTION15.784TORSIONAL
12B8453X-RAY DIFFRACTION15.784TORSIONAL
13C8453X-RAY DIFFRACTION15.784TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.840.363980.306726672765100
2.84-2.870.35041340.288626482782100
2.87-2.910.33161320.268726852817100
2.91-2.950.29221410.25926062747100
2.95-30.27371320.257726792811100
3-3.040.36471420.282225972739100
3.04-3.090.32741360.275426412777100
3.09-3.150.29861420.255926822824100
3.15-3.210.30131410.23326302771100
3.21-3.270.30791370.224526432780100
3.27-3.330.31011250.226226732798100
3.33-3.410.28181190.209626542773100
3.41-3.490.25571180.20426922810100
3.49-3.570.24011360.19426392775100
3.57-3.670.23931130.183926782791100
3.67-3.780.21041160.172926802796100
3.78-3.90.2171440.162126632807100
3.9-4.040.20231520.157726402792100
4.04-4.20.20081670.144226492816100
4.2-4.390.20231620.13726002762100
4.39-4.620.17371380.129426632801100
4.62-4.910.17141600.127426412801100
4.91-5.290.17891580.138226492807100
5.29-5.820.23251390.163526722811100
5.82-6.660.23151450.185426792824100
6.66-8.380.20661730.163826682841100
8.38-45.780.18811750.14692684285999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4396-3.4249-0.38312.67251.70326.085-0.19410.53570.1885-0.36670.03360.1718-0.449-0.20940.03750.5268-0.1244-0.06570.30840.08880.3357-59.268441.033425.2628
21.8802-0.4370.10282.10531.45832.2513-0.25240.06550.4464-0.27140.238-0.158-0.59060.1048-0.01340.5888-0.1388-0.0390.33270.03770.4666-47.013348.250436.3617
32.08090.92910.20491.1449-0.11051.07560.0765-0.2433-0.11210.09130.022-0.0849-0.0207-0.0843-0.10370.4137-0.05030.0270.2853-0.0190.2797-45.385126.511356.3999
45.44662.34-0.53674.5074-0.38173.293-0.09290.32070.3361-0.10750.1259-0.0062-0.35090.3378-0.03050.3606-0.05210.00920.3255-0.02330.2758-21.256446.335747.8145
55.07-0.03651.75884.8125-1.30214.6969-0.00020.2730.145-0.223-0.0731-0.0419-0.16740.06020.27520.28230.08690.02840.2557-0.01890.2778-26.122871.76672.0635
63.031-1.62371.82922.5808-1.80692.8590.18510.2698-0.1521-0.2568-0.15160.02770.11420.1998-0.07180.31360.07310.02410.3279-0.11870.3317-27.909761.600274.1356
72.227-0.1655-0.41492.2690.19681.9301-0.1869-0.2140.0320.32220.28210.04050.02880.0005-0.12330.45250.18590.00920.34060.00440.2964-43.181176.764396.6658
82.2424-0.71080.41893.56990.42562.3316-0.068-0.2237-0.70160.65240.26070.28730.8937-0.0042-0.17240.79520.07540.07570.45480.09620.6883-50.358352.80199.2954
92.5217-0.55830.09473.70540.01012.06460.03920.549-0.4003-0.02010.0780.3231.14870.2168-0.08740.81070.0898-0.00740.5309-0.09140.6647-50.369347.910187.7109
10-0.0036-0.07650.00041.5856-0.0341-0.0024-0.29920.0901-0.795-0.30970.3975-0.1621.24130.3447-0.14271.89430.3194-0.18460.9181-0.22461.4588-44.714727.219790.146
112.8660.67-1.35871.5672-0.4372.6987-0.00220.3095-0.0709-0.01610.05420.11980.1919-0.4701-0.05480.2618-0.0695-0.07030.38130.01060.2941-25.396835.2684115.7832
121.6297-0.81820.23421.1811-0.24671.2150.0003-0.29790.0223-0.05120.10040.2078-0.1116-0.3613-0.07950.262-0.0029-0.00170.42490.03330.3003-22.945154.2974136.6135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 81 )A2 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 206 )A82 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 414 )A207 - 414
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 415 through 582 )A415 - 582
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 35 )B2 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 36 through 206 )B36 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 207 through 365 )B207 - 365
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 366 through 441 )B366 - 441
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 442 through 517 )B442 - 517
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 518 through 582 )B518 - 582
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2 through 206 )C2 - 206
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 207 through 582 )C207 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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