PDB-4f2g: The Crystal Structure of Ornithine carbamoyltransferase from Burk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f2g

タイトル

The Crystal Structure of Ornithine carbamoyltransferase from Burkholderia thailandensis E264

要素

Ornithine carbamoyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / carbamoyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Craig, T.K. / Fox, D. / Staker, B. / Stewart, L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4f2g.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4f2g_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
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CIF形式データ	4f2g_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 1pvvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bls-d 6gs2-2 1jp5-d 6n7c-d 6n77-d 6h5e-2 5v4b-d 1jrg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00088.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 6 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	14_444	-y-1/4,-x-1/4,-z-1/4	1
crystal symmetry operation	19_444	-x-1/4,-z-1/4,-y-1/4	1
crystal symmetry operation	24_444	-z-1/4,-y-1/4,-x-1/4	1

3

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.250, 141.250, 141.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- PO4
2	1	A-403- PO4
3	1	A-404- PO4
4	1	A-404- PO4
5	1	A-563- HOH
6	1	A-638- HOH
7	1	A-657- HOH

#1: タンパク質	Ornithine carbamoyltransferase 1 / OTCase 1 分子量: 35456.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: argF-1, argF1, BTH_I0732 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T0L1, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: JCSG3 well F12 0.1M Na Citrate pH5.6, 1M Ammonium dihydrogen Phosphate with 15% EG added to well solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40.775 Å / Num. all: 28765 / Num. obs: 28707 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.96 % / B_iso Wilson estimate: 27.065 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 26.41

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15	0.496	4.02	14196	2086	1	100
2.15-2.21	0.402	5.01	14161	2013	1	100
2.21-2.28	0.361	5.79	14472	2001	1	100
2.28-2.35	0.322	6.57	14259	1892	1	99.9
2.35-2.43	0.261	8.56	15304	1873	1	99.8
2.43-2.51	0.236	10.77	17013	1792	1	99.9
2.51-2.6	0.19	14.01	17886	1734	1	99.8
2.6-2.71	0.169	15.99	17976	1696	1	99.9
2.71-2.83	0.154	17.16	17702	1608	1	100
2.83-2.97	0.126	20.81	17840	1543	1	100
2.97-3.13	0.095	26.72	18304	1494	1	99.9
3.13-3.32	0.072	36.4	18861	1400	1	99.9
3.32-3.55	0.061	46.21	20868	1332	1	99.8
3.55-3.83	0.049	56.57	19758	1243	1	99.9
3.83-4.2	0.04	66.26	18039	1144	1	99.8
4.2-4.7	0.034	75.72	16597	1059	1	99.8
4.7-5.42	0.037	68.21	14497	937	1	100
5.42-6.64	0.047	55.38	12423	814	1	100
6.64-9.39	0.035	70.39	9507	654	1	99.7
9.39-40.775	0.022	90.43	5027	392	1	94.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	40.78 Å
Translation	2.5 Å	40.78 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PVV

1pvv

解像度: 2.1→40.775 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8878 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.42 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1965	1392	5.07 %	random
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1697	27457	95.69 %	-
all	-	28849	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.883 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.33 Å² / B_iso min: 6.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.775 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2291	0	39	204	2534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.95	3273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13	852

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1003-2.1753	0.2113	131	0.2136	2413	2544	90
2.1753-2.2624	0.1964	134	0.1956	2447	2581	92
2.2624-2.3654	0.2416	132	0.193	2469	2601	92
2.3654-2.4901	0.2039	138	0.1879	2534	2672	94
2.4901-2.6461	0.2429	135	0.1815	2559	2694	96
2.6461-2.8503	0.2075	137	0.1815	2625	2762	97
2.8503-3.1371	0.1891	140	0.1758	2630	2770	97
3.1371-3.5908	0.1944	142	0.1548	2702	2844	99
3.5908-4.523	0.1715	147	0.1321	2753	2900	99
4.523-40.783	0.1846	156	0.1641	2933	3089	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4148	-0.7731	0.4553	5.3711	-2.6485	1.3096	0.2632	0.6863	0.1856	-0.1709	-0.1278	0.1249	-0.1502	-0.1179	-0.0816	0.1421	0.049	0.008	0.1616	0.0382	0.1127	-16.4322	15.8495	-18.2687
2	4.0275	2.5154	-2.558	6.1461	-0.2363	2.033	0.0195	0.1699	-0.1649	-0.3371	-0.2483	0.3979	0.0715	-0.0654	0.1497	0.082	0.0208	-0.0372	0.2219	-0.0224	0.1844	-28.0629	5.4844	-14.2808
3	5.5071	2.8592	1.8168	3.8739	1.3633	2.6506	0.0186	0.1204	-0.1303	-0.0886	0.0688	0.2449	0.0713	0.0269	-0.0541	0.1097	0.0426	-0.0127	0.0375	0.0422	0.1154	-14.0569	-1.4615	-11.972
4	2.7738	1.5244	-0.6818	3.7215	-1.2602	1.5625	0.1065	-0.0496	-0.0616	0.0096	-0.1099	-0.1923	-0.1865	0.1458	-0.0153	0.0895	0.011	0.011	0.1127	0.0017	0.0622	-5.0823	4.5124	-8.0754
5	2.0544	-0.797	-0.8596	1.4812	0.5676	1.7641	0.0977	0.2478	0.1965	-0.1259	-0.0485	-0.0537	-0.1381	0.0281	-0.058	0.0993	0.0125	0.0058	0.0995	0.0339	0.0913	-11.2181	12.2902	-12.5174
6	3.1194	-0.7384	-0.0424	2.9033	0.3119	4.2269	0.203	0.0477	0.3205	-0.1621	-0.0429	0.0105	-0.5006	0.017	-0.1047	0.1635	0.0495	0.0754	0.1062	0.0366	0.2199	-22.8246	25.6814	-4.5823
7	1.7875	-0.2429	1.1433	2.0753	-1.3746	1.5819	0.2464	0.1872	0.5785	-0.1274	-0.1538	0.0574	-0.5671	-0.0419	-0.0098	0.3025	0.1263	0.1046	0.1674	0.0442	0.3247	-26.4135	29.7792	-2.3154
8	7.4146	-5.9415	-2.4368	6.9628	1.7159	2.0049	-0.084	-0.6683	1.032	1.133	0.5895	-0.9137	-0.9107	0.4776	-0.4877	0.5001	-0.0035	0.0323	0.2627	-0.1054	0.4247	-15.9916	26.345	10.2978
9	2.0665	-1.3118	-1.0309	3.138	1.2256	3.0247	0.0372	-0.1859	0.1685	0.2754	0.0245	0.1468	-0.0929	-0.0269	-0.0435	0.1534	0.0438	0.0692	0.1644	-0.0139	0.1676	-26.4248	19.2642	9.5109
10	1.2611	-0.7331	-1.2783	2.2103	1.4789	3.4732	-0.0002	0.1585	-0.0492	-0.0657	-0.0453	0.1885	-0.0043	-0.3047	0.0227	0.0679	0.0044	-0.019	0.1259	0.0102	0.143	-21.6788	5.6996	-9.4203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:16)	A	6 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 17:35)	A	17 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 36:56)	A	36 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 57:91)	A	57 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 92:149)	A	92 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 150:194)	A	150 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 195:222)	A	195 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 223:244)	A	223 - 244
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 245:283)	A	245 - 283
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 284:307)	A	284 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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