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- PDB-3gk3: Crystal structure of acetoacetyl-CoA reductase from Burkholderia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gk3
タイトルCrystal structure of acetoacetyl-CoA reductase from Burkholderia pseudomallei 1710b
要素Acetoacetyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / acetoacetyl-Co reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetoacetyl-CoA reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Acetoacetyl-CoA reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Acetoacetyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2009年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetyl-CoA reductase
B: Acetoacetyl-CoA reductase
C: Acetoacetyl-CoA reductase
D: Acetoacetyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4998
ポリマ－115,1194
非ポリマー3804
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13580 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.570, 102.920, 137.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Acetoacetyl-CoA reductase


分子量: 28779.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
遺伝子: phbB-2, BURPS1710b_A1014 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JJT1, acetoacetyl-CoA reductase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: JCSG+ screen D12: 40mM KH2PO4, 16% PEG 8000, 20% glycerol, 0.4ul + 0.4ul, protein at 32.7mg/ml, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.803 Å / Num. obs: 58501 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.417 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.1-2.150.5582.414839425398
2.15-2.210.463.216980419499.7
2.21-2.280.4273.516742407199.7
2.28-2.350.354.116670398099.6
2.35-2.420.3374.216291382999.7
2.42-2.510.2854.915987373599.8
2.51-2.60.2435.615574360599.8
2.6-2.710.2076.315186349699.8
2.71-2.830.1856.714557331299.8
2.83-2.970.1438.114114320099.7
2.97-3.130.129.413419304599.5
3.13-3.320.0891312650286299.4
3.32-3.550.07117.411853270198.9
3.55-3.830.05322.110925250598.4
3.83-4.20.04426.310156229497.4
4.2-4.70.03830.19240206896
4.7-5.420.03829.68192182896
5.42-6.640.04625.16968157596.9
6.64-9.390.02835.25412123595.5
9.390.02242.7288871391.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→41.803 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.724 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 2963 5.07 %
Rwork0.226 --
obs0.228 58440 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.418 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.5 Å2 / Biso mean: 40.314 Å2 / Biso min: 24.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.049 Å20 Å2-0 Å2
2--30.551 Å20 Å2
3----16.502 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7006 0 20 276 7302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01213980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15625134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5433404
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.1350.3841500.3552553270397
2.135-2.1710.391360.32326182754100
2.171-2.2110.3551360.31326422778100
2.211-2.2530.4411330.30526022735100
2.253-2.2990.3671400.2982640278099
2.299-2.3490.3611350.26526692804100
2.349-2.4040.3351350.26626272762100
2.404-2.4640.3321450.25526302775100
2.464-2.5310.3221450.24326412786100
2.531-2.6050.311230.23326512774100
2.605-2.6890.3061440.22426442788100
2.689-2.7850.3111470.22526412788100
2.785-2.8970.2591400.22626542794100
2.897-3.0290.3151500.21626592809100
3.029-3.1880.281420.22626582800100
3.188-3.3880.2541490.2062648279799
3.388-3.6490.2541280.1912661278999
3.649-4.0160.2181360.1832648278498
4.016-4.5970.2071560.172610276697
4.597-5.7890.2231390.182640277996
5.789-41.8110.231540.2232741289596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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