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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgd
タイトルCrystal structure of FolM Alternative dihydrofolate reductase 1 from Brucella suis in complex with NADP
要素FolM Alternative dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / dihydrofolate reductase / NADP / Brucella suis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Brucella suis 92/29 (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2022
タイトル: Crystal structures of FolM alternative dihydrofolate reductase 1 from Brucella suis and Brucella canis.
著者: Porter, I. / Neal, T. / Walker, Z. / Hayes, D. / Fowler, K. / Billups, N. / Rhoades, A. / Smith, C. / Smith, K. / Staker, B.L. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. ...著者: Porter, I. / Neal, T. / Walker, Z. / Hayes, D. / Fowler, K. / Billups, N. / Rhoades, A. / Smith, C. / Smith, K. / Staker, B.L. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Asojo, O.A.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FolM Alternative dihydrofolate reductase
B: FolM Alternative dihydrofolate reductase
C: FolM Alternative dihydrofolate reductase
D: FolM Alternative dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,08913
ポリマ-118,7754
非ポリマー3,3149
13,385743
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19650 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.350, 76.520, 98.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
FolM Alternative dihydrofolate reductase


分子量: 29693.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella suis 92/29 (ブタ流産菌)
遺伝子: C062_00524 / プラスミド: BrsuA.00010.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6ITS6
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MCSG1 A1(272563a1): 20% w/v PEG8000, 100mM HEPES:NaOH pH7.5; 20eg; protein 19mg/mL; icw9-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日
放射モノクロメーター: [111] Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 116233 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.22 % / Biso Wilson estimate: 18.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 19.84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2% possible all
1.7-1.744.250.4392.870.91598.4
1.74-1.790.3633.490.93998.6
1.79-1.840.2794.460.96598.7
1.84-1.90.2165.820.97798.6
1.9-1.960.1697.380.98598.6
1.96-2.030.1359.170.9999.1
2.03-2.110.10211.820.99499.2
2.11-2.190.08414.440.99599
2.19-2.290.06817.360.99799.4
2.29-2.40.05919.890.99899.2
2.4-2.530.0523.50.99899.4
2.53-2.690.04327.360.99899.5
2.69-2.870.03731.460.99999.3
2.87-3.10.03237.210.99999.4
3.1-3.40.02742.360.99999.7
3.4-3.80.02548.460.99999.6
3.8-4.390.02252.720.99999.5
4.39-5.380.02154.420.99999.7
5.38-7.60.02152.580.99999.8
7.60.01956.410.99996

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5bt9
解像度: 1.7→50 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 1785 1.54 %
Rwork0.1628 --
obs0.1634 116170 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.18 Å2 / Biso mean: 32.1221 Å2 / Biso min: 10.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7503 0 214 748 8465
Biso mean--33.51 39.84 -
残基数----983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82811013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5634953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.7460.28251530.28168678883199
1.746-1.79730.27681350.26638683881899
1.7973-1.85540.251380.24218733887199
1.8554-1.92170.2281400.22818694883499
1.9217-1.99860.25291390.21748769890899
1.9986-2.08960.24141480.20338746889499
2.0896-2.19970.2431120.18618800891299
2.1997-2.33750.22811250.18238808893399
2.3375-2.5180.1951180.17148853897199
2.518-2.77130.19511420.16198852899499
2.7713-3.17220.20391170.146688939010100
3.1722-3.9960.18211580.12488839041100
3.996-39.63650.15031600.11798993915399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1354-0.62080.04623.47750.89273.6190.03070.42170.1949-0.0376-0.0291-0.2031-0.09310.22140.01710.0806-0.03260.02650.28180.05010.168922.98534.052916.2533
20.2662-0.01530.81282.4635-0.99722.8877-0.1870.78380.3465-0.12040.1234-0.1883-0.22720.26740.08740.1735-0.04550.01020.5260.12820.268927.74129.02938.8268
34.4334-0.54172.9791.5648-1.17152.5054-0.17110.9755-0.0063-0.44490.0729-0.18780.30430.18440.15560.2886-0.09490.0360.70480.02660.21721.88712.65153.4084
42.1079-0.80081.31331.8721-0.4840.88940.01920.81230.2823-0.30990.062-0.18360.0355-0.0035-0.05160.2026-0.03650.03260.55910.11130.227212.79033.86596.0063
51.22520.14130.69210.6216-0.50621.9837-0.05540.78550.0921-0.17360.07-0.12590.0467-0.0207-0.01480.1561-0.06050.01260.45910.03730.17787.14820.84639.1759
60.70090.1640.07961.6391-0.16761.6625-0.05220.5110.1551-0.14130.1037-0.1145-0.1113-0.1146-0.05680.1176-0.01260.01970.32050.06260.19535.43534.196314.1157
73.284.0602-2.68386.4657-1.8776.19380.12350.42330.4721-0.16670.0275-0.0724-0.65230.1091-0.03350.26960.00560.06550.21890.12350.33345.894222.867522.8343
82.1651-0.15790.77381.3368-0.45741.6644-0.050.19440.26320.0220.0522-0.0135-0.15090.03030.01090.1188-0.00880.01770.12950.04630.14276.96357.030224.6603
91.4419-0.41560.38381.43920.13940.937-0.15670.5904-0.1305-0.4830.26280.220.0308-0.13430.09890.1708-0.2856-0.25471.2089-0.16590.0796-28.4495-7.2896-3.1316
100.7386-0.23110.61140.97850.11660.62280.0170.8061-0.0017-0.53030.098-0.0506-0.04740.0015-0.04910.3355-0.1297-0.05531.06060.04020.186-16.5903-3.2513-3.949
110.66290.5076-0.26730.411-0.11491.2196-0.12320.73810.0084-0.19570.19680.0584-0.056-0.0605-0.05270.2041-0.07110.00330.6960.01130.1761-12.0622-0.84564.2761
121.9740.5957-0.38780.82360.02271.1739-0.11080.8603-0.1327-0.1880.08980.04760.02060.0213-0.00430.1572-0.0496-0.01290.5417-0.03640.1673-12.9988-3.84418.6445
130.02590.2508-0.07733.69772.20097.8014-0.16690.6662-0.6478-0.06420.0136-0.02770.5269-0.01920.15260.1976-0.03390.05480.3635-0.21940.4409-18.267-22.337215.9644
143.0940.40010.78461.07260.55331.89890.00490.6523-0.1786-0.1342-0.00440.15890.1068-0.083-0.02110.1217-0.02890.0320.3225-0.02510.1297-19.9623-6.839217.0204
157.2428-2.21911.01264.46661.74416.9070.0876-0.19680.48350.0262-0.0392-0.3123-0.41070.38960.01120.09830.0189-0.02070.1779-0.02990.092514.25817.271345.1445
162.79430.99680.83013.03050.04162.30320.0928-0.6025-0.24280.3202-0.0649-0.15710.13740.3675-0.02560.19280.0185-0.05270.3170.04750.169712.9841-0.27151.5739
175.14792.99970.74594.0140.67651.68990.2136-0.4385-0.01240.2128-0.14730.01430.0809-0.1185-0.07390.13680.00920.00530.18740.01880.0811-1.75221.445247.5793
183.45131.9020.71972.46030.96121.69840.0316-0.0337-0.0435-0.00640.0268-0.063-0.0247-0.0096-0.05310.08920.0220.01250.09930.01610.1011-1.95391.382436.6532
192.0045-0.1128-0.05311.36650.47871.9717-0.0142-0.1186-0.5430.40230.0311-0.06590.51690.0949-0.03040.22130.0087-0.00740.16110.05060.27697.3881-10.782434.3056
202.55770.40550.57621.80530.64522.34740.04890.0491-0.16380.0377-0.031-0.07450.11760.0817-0.03590.09650.01960.02840.1333-0.00370.11577.3412-2.674229.4829
216.8434-0.2974-1.75872.58873.14017.0033-0.18780.2968-0.1552-0.3585-0.05440.47520.055-0.35170.28460.1175-0.0106-0.02330.18390.01020.1663-36.5177-5.486632.5932
225.02360.10380.65652.3271-0.08813.1873-0.0076-0.05760.44280.1177-0.00910.1741-0.1736-0.26210.02960.10390.02820.01770.1708-0.00320.2265-41.2871.415434.148
234.0232.66515.16574.0352.40277.14090.4318-0.676-0.42740.4645-0.13-0.0870.3179-0.3584-0.28280.1978-0.01170.00380.2559-0.00990.214-35.1522-3.524343.1096
246.89974.83061.80497.66140.4623.21370.1822-0.2175-0.04480.3431-0.07370.26080.119-0.3053-0.10320.11080.02140.01750.09870.01930.1679-35.3514-10.215738.2539
254.32465.60492.59657.50752.81362.88190.091-0.43370.84650.2048-0.15450.3608-0.27040.0669-0.02720.2148-0.02240.05960.269-0.09140.3563-17.588212.343642.0105
263.72071.8505-0.06341.9139-0.20782.15340.0288-0.1050.04210.0047-0.02670.00510.0342-0.0685-0.00310.07850.04360.00650.11310.00180.121-21.2219-1.840136.4911
272.56360.9712-0.21021.57520.40493.3294-0.02320.08580.0949-0.0368-0.0040.1331-0.097-0.1328-0.01250.06030.0174-0.00160.13950.0120.1335-19.6927-1.043631.1217
284.71021.8887-2.36475.2633-4.63715.3539-0.33920.35641.24460.43450.15110.2524-0.8571-0.0830.06930.32250.0072-0.13250.29020.17810.5935-24.463717.498119.2153
292.27410.57340.21441.91840.45441.3491-0.06060.42850.2434-0.05530.04150.0724-0.139-0.09470.00050.11350.0181-0.00450.2240.06470.1546-22.53143.307220.9947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 43 )A14 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 67 )A44 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 85 )A68 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 116 )A86 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 165 )A117 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 166 through 207 )A166 - 207
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 208 through 225 )A208 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 226 through 262 )A226 - 262
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 17 through 68 )B17 - 68
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 69 through 116 )B69 - 116
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 117 through 165 )B117 - 165
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 166 through 207 )B166 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 208 through 225 )B208 - 225
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 226 through 263 )B226 - 263
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 15 through 30 )C15 - 30
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 31 through 85 )C31 - 85
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 86 through 141 )C86 - 141
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 142 through 186 )C142 - 186
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 187 through 225 )C187 - 225
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 226 through 263 )C226 - 263
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 18 through 30 )D18 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 31 through 67 )D31 - 67
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 68 through 85 )D68 - 85
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 86 through 102 )D86 - 102
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 103 through 116 )D103 - 116
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 117 through 165 )D117 - 165
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 166 through 211 )D166 - 211
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 212 through 225 )D212 - 225
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 226 through 263 )D226 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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