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- PDB-2x4n: Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to residual fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x4n
タイトルCrystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to residual fragments of a photocleavable peptide that is cleaved upon UV-light treatment
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
  • HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / DISEASE MUTATION / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / PHOSPHOPROTEIN / IMMUNE RESPONSE / HOST-VIRUS INTERACTION / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / GLYCATION / AMYLOIDOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / T cell receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / antibacterial humoral response / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / RNA binding
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Uv-Induced Ligand Exchange in Mhc Class I Protein Crystals.
著者: Celie, P.H.N. / Toebes, M. / Rodenko, B. / Ovaa, H. / Perrakis, A. / Schumacher, T.N.M.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,07118
ポリマ－89,7606
非ポリマー1,31112
水4,234235
1
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1566
ポリマ－44,8803
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-22.4 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
2
D: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,91512
ポリマ－44,8803
非ポリマー1,0359
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.509, 86.523, 80.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN / MHC CLASS I ANTIGEN A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XLI BLUE / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド HLA-A2.1-RESTRICTED INFLUENZA A MATRIX EPITOPE


分子量: 1146.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: MODIFIED AT P5 (RESIDUE62) AND P8 (RESIDUE 65).(2-NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P5 AND 3-AMINO-3-(2- NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P8. CRYSTAL WAS EXPOSED TO UV LIGHT TO CLEAVE PEPTIDE AT ...詳細: MODIFIED AT P5 (RESIDUE62) AND P8 (RESIDUE 65).(2-NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P5 AND 3-AMINO-3-(2- NITRO)PHENYL-PROPIONIC ACID AT P8. CRYSTAL WAS EXPOSED TO UV LIGHT TO CLEAVE PEPTIDE AT PRV AND PRQ RESIDUES, RESULTING IN REMOVAL OF RESIDUES 62-64 FROM THE STRUCTURE.
由来: (合成) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 247分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細INITIALIZING METHIONINE (B0 AND E0) ADDED TO SEQUENCE. ORIGINAL SEQUENCE IS GILGFVFTL. G AT P1 IS ...INITIALIZING METHIONINE (B0 AND E0) ADDED TO SEQUENCE. ORIGINAL SEQUENCE IS GILGFVFTL. G AT P1 IS REPLACED BY K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM MES PH 5.5, 20% PEG 1500. CRYSTALS WERE FROZEN IN 100 MM MES, 30% PEG 1500, 10% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→80.06 Å / Num. obs: 33198 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 1.88 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.02
反射 シェル解像度: 2.34→2.47 Å / 冗長度: 1.82 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EEY

1eey


解像度: 2.34→19.806 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THIS ENTRY IS RELATED TO PDB ENTRY 2X4M WHERE THE PHOTOCLEAVABLE MOIETIES PRQ AND PRV ARE DESCRBED (PRQ WA FIRST DESCRIBED IN 2VE6)
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 2013 6.1 %
Rwork0.1957 --
obs0.2004 33140 92.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.527 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6263 Å20 Å21.1234 Å2
2--5.0402 Å20 Å2
3----3.4139 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→19.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6243 0 84 235 6562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3178860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6582381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.129896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3401-2.39850.33491560.28932168X-RAY DIFFRACTION92
2.3985-2.46330.36761450.27872230X-RAY DIFFRACTION93
2.4633-2.53560.39441310.27762268X-RAY DIFFRACTION94
2.5356-2.61730.32121550.25942251X-RAY DIFFRACTION93
2.6173-2.71060.32321510.22872238X-RAY DIFFRACTION94
2.7106-2.81880.28771460.20842276X-RAY DIFFRACTION94
2.8188-2.94670.30221490.20662225X-RAY DIFFRACTION93
2.9467-3.10160.29851580.20962262X-RAY DIFFRACTION94
3.1016-3.2950.28551270.20052269X-RAY DIFFRACTION93
3.295-3.54810.27361510.18622209X-RAY DIFFRACTION92
3.5481-3.90270.24611280.16092250X-RAY DIFFRACTION92
3.9027-4.46180.22441470.14822198X-RAY DIFFRACTION91
4.4618-5.60030.21641360.14462140X-RAY DIFFRACTION88
5.6003-19.80670.23531330.1882143X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.748-0.1587-0.5141.4367-0.59022.6533-0.0504-0.0954-0.06740.04210.0538-0.3782-0.01720.227-0.00020.1762-0.0121-0.03530.2484-0.06880.236226.037-3.613-4.6171
21.77150.43050.07712.09020.40691.63080.13770.2812-0.0995-0.2673-0.03960.39430.1876-0.68660.00010.2166-0.0895-0.02340.4229-0.09790.2588-5.4704-8.1168-20.4181
32.64140.81290.21041.1932-0.18141.23620.03890.1820.376-0.0568-0.00160.1165-0.2715-0.1089-0.00010.2594-0.00950.03270.2554-0.01980.1674.988110.4482-13.3116
42.68310.10031.11431.4298-0.19313.32490.17120.3760.0757-0.00890.0482-0.3761-0.14290.3329-0.00020.1694-0.02560.05660.1905-0.08930.233757.18553.823820.5947
52.6485-0.84-0.08081.55651.11161.84140.1282-0.29330.22040.1445-0.06480.1612-0.0154-0.2370.00210.1871-0.0710.04780.1937-0.08750.153525.84287.738236.317
62.7239-0.8264-0.56832.72150.18761.42180.0944-0.0165-0.71030.1880.03890.03370.2344-0.14390.00120.256-0.0352-0.04660.0698-0.04140.224735.9844-10.587128.507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID :180)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 181:275)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 0:)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID :180)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN D AND RESID 181:275)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN E AND RESID 0:)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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