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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hax | ||||||
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タイトル | Snapshots of serine protease catalysis: (A) acyl-enzyme intermediate between porcine pancreatic elastase and human beta-casomorphin-7 at pH 5 | ||||||
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![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE (SERINE PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-Ray Snapshots of Serine Protease Catalysis Reveal a Tetrahedral Intermediate 著者: Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. #1: ![]() タイトル: Structure of a Specific Acyl-Enzyme Complex Formed between Beta-Casomorphin-7 and Porcine Pancreatic Elastase 著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J. #2: ![]() タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65A Resolution 著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | COMPLEX OF ELASTASE 1 AND BETA-CASOMORPHIN- 7 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 456.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26014.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE CARBOXYL TERMINUS OF THE BETA-CASOMORPHIN-7 PEPTIDE AND THE HYDROXYL SIDE CHAIN OF SER-195 ARE ...THE CARBOXYL TERMINUS OF THE BETA-CASOMORPHI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.9 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 25 MG/ML BCM7. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wilmouth, R.C., (1997) Nat.Struct.Biol., 4, 456. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→33.9 Å / Num. obs: 29359 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 33.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 15.2 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 211556 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QIX 解像度: 1.6→38.1 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: STANDARD CNS / Bsol: 39.5 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.62 Å / Total num. of bins used: 24 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2 |