PDB-4dgj: Structure of a human enteropeptidase light chain variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dgj

タイトル

Structure of a human enteropeptidase light chain variant

要素

Enteropeptidase catalytic light chain

キーワード

HYDROLASE / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

enteropeptidase / brush border / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zahn, M. / Simeonov, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a supercharged variant of the human enteropeptidase light chain.
著者: Simeonov, P. / Zahn, M. / Strater, N. / Zuchner, T.

履歴

登録	2012年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.3	2020年10月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dgj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ekb
類似構造データ	7jmb-1 5tku-d 1zpz-d 5e1b-1 4crd-d 3sos-d 1bru-d 6fui-d 2bdc-d 4kea-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Enteropeptidase catalytic light chain

B: Enteropeptidase catalytic light chain

C: Enteropeptidase catalytic light chain

D: Enteropeptidase catalytic light chain

106 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Enteropeptidase catalytic light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Enteropeptidase catalytic light chain

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3

C: Enteropeptidase catalytic light chain

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4

D: Enteropeptidase catalytic light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.181, 147.704, 148.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enteropeptidase catalytic light chain 分子量: 26379.672 Da / 分子数: 4 / 変異: N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS15, ENTK, PRSS7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98073, enteropeptidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 91520 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 12289 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 4.901 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21022	1829	2 %	RANDOM
R_work	0.1689	-	-	-
obs	0.16972	89514	97.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.345 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7386	0	0	923	8309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	7698
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.005	1.943	10530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.985	5	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.398	24.324	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.147	15	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.225	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	6050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.945 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	107	-
R_work	0.223	5588	-
obs	-	-	86.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1969	-0.531	-0.4064	2.7637	0.408	0.338	0.0496	0.0351	0.0707	-0.1269	-0.008	0.2635	-0.002	-0.0684	-0.0416	0.0544	0.0142	-0.025	0.0675	0.023	0.0521	27.3524	84.303	73.0359
2	2.8452	0.868	1.3496	4.5537	-0.5728	8.1107	-0.0578	-0.0681	0.2543	-0.1869	0.039	-0.1591	-0.0835	0.4426	0.0188	0.0698	-0.0252	0.0193	0.0969	-0.0058	0.0477	44.3025	92.7434	76.4072
3	0.1452	0.0442	-0.086	1.0071	0.0532	1.1235	0.0295	0.0332	0.0572	0.0544	-0.0402	-0.0039	-0.1416	0.1023	0.0107	0.0514	-0.0058	0.0102	0.0529	0.0085	0.0312	37.9574	91.5985	82.028
4	1.201	-0.5672	0.6486	1.925	-1.0766	1.5156	0.032	0.0055	0.1377	-0.0687	0.0107	-0.0322	-0.0829	0.0765	-0.0427	0.0544	-0.0154	0.0183	0.0131	-0.008	0.0295	36.2984	94.2114	83.7549
5	0.9446	-1.1637	0.4444	5.769	-1.3294	0.9196	-0.0247	-0.1444	0.0762	0.0544	0.1015	-0.1865	-0.0415	0.0703	-0.0768	0.0367	-0.012	0.0153	0.07	-0.0341	0.0448	39.4822	86.7718	90.4428
6	0.4885	0.2172	-0.2683	1.0955	-0.2732	0.6538	0.0161	0.0653	0.011	-0.0438	-0.0108	0.153	0.0072	-0.0686	-0.0053	0.0219	0.0057	-0.0094	0.042	-0.0004	0.0251	28.0306	80.407	79.5874
7	6.1372	0.9657	-2.4906	5.5023	1.388	2.8029	0.0206	-0.0785	-0.1211	0.0485	-0.0914	-0.0711	0.2543	0.002	0.0708	0.0719	0.0179	0.0008	0.0464	0.0199	0.0283	38.8857	63.0428	87.6169
8	0.7968	-0.0065	-0.0189	0.4647	-0.1626	0.5147	0.0163	0.0079	-0.0119	-0.073	0.0041	0.0143	0.1123	-0.0006	-0.0204	0.0597	0.0021	-0.0139	0.042	-0.0042	0.0095	34.2194	72.4713	81.5784
9	14.8502	-0.0432	-3.8262	5.1468	2.5936	6.8453	0.0756	-0.3277	0.1607	0.0568	-0.2018	0.7695	-0.0481	-0.3455	0.1262	0.0048	-0.0039	0.0031	0.1006	-0.0255	0.1603	16.969	79.3724	84.1622
10	0.319	-0.1388	-0.1669	1.1361	0.1912	0.9727	0.0335	-0.0509	0.0033	-0.0226	0.0174	0.0434	0.0303	0.0034	-0.0509	0.0146	0.0029	0.0031	0.0471	-0.0003	0.0296	32.8513	78.1677	87.8414
11	1.633	1.194	-0.0639	1.6427	0.6813	1.8291	0.0262	-0.0496	-0.0028	0.198	-0.0431	0.1537	0.064	-0.0661	0.0169	0.0734	-0.0026	0.0378	0.0484	0.0078	0.051	30.1897	63.0624	130.8798
12	1.6936	-0.5125	-1.1899	7.1444	2.586	14.8477	-0.1713	0.0648	0.0754	0.4636	0.3721	-0.5405	0.4854	0.7846	-0.2008	0.072	0.0446	-0.0269	0.0739	-0.0245	0.0585	46.9247	54.7397	126.3076
13	0.7717	-0.3274	-0.4261	1.7748	-0.0234	0.9761	-0.0439	0.0139	-0.0079	-0.0939	0.0136	-0.0712	0.1341	0.1048	0.0303	0.0686	0.0031	0.0225	0.0414	-0.0056	0.027	40.8683	56.5374	116.8115
14	0.6057	0.0403	0.7705	1.1682	0.335	1.0596	0.0915	-0.0908	-0.054	0.1885	-0.0398	0.0057	0.1829	-0.1149	-0.0517	0.095	0.0033	0.0169	0.0485	0.0127	0.0345	38.5639	53.7727	129.4777
15	1.1063	0.4509	-0.7713	2.5518	-0.6963	2.5675	-0.0683	-0.0263	-0.0668	-0.0247	-0.0143	-0.1188	0.1919	0.0147	0.0825	0.0168	0.0066	0.003	0.015	-0.0053	0.0112	39.3649	54.8287	118.1929
16	2.6489	-2.332	-0.1971	4.5966	1.9509	1.2655	0.1191	0.2102	0.2253	-0.2092	-0.0202	-0.2934	-0.1041	0.1104	-0.0989	0.0882	-0.0119	0.0445	0.0779	0.0105	0.0443	43.6815	69.8178	110.035
17	0.8016	0.104	-0.1805	2.267	0.561	0.6766	-0.0061	0.0251	-0.0427	-0.1272	-0.0262	0.2306	0.0962	-0.1363	0.0323	0.0471	-0.0258	-0.0182	0.0466	0.0008	0.0412	27.285	58.2064	117.6125
18	0.3785	-0.4967	0.555	1.248	-1.0283	1.3731	0.0356	-0.0295	0.0401	0.0912	-0.0323	0.0937	-0.0297	0.014	-0.0033	0.0728	-0.0026	0.0287	0.0568	-0.0179	0.0435	35.406	70.8015	128.837
19	4.4362	2.0159	0.4541	3.0162	0.434	2.6307	0.0222	-0.066	-0.0064	0.0023	0.0345	-0.0357	-0.1644	-0.0067	-0.0568	0.07	-0.0062	0.0296	0.0116	0.0047	0.0214	40.4077	84.0606	115.1663
20	0.3563	0.0964	0.2077	1.3937	0.1634	0.7509	0.0161	-0.0132	0.0361	-0.0083	-0.0239	0.1128	-0.0816	-0.043	0.0077	0.0277	-0.0036	0.0172	0.0431	-0.0067	0.0254	33.3426	70.8406	118.0717
21	1.0187	-0.1573	-0.4203	0.5768	0.065	0.5179	-0.0105	0.0519	0.0542	-0.0149	-0.0519	-0.0211	0.0295	0.0559	0.0624	0.0162	-0.0004	0.0111	0.032	0.0164	0.0472	65.0866	100.3715	103.8197
22	2.3402	0.337	0.456	0.5368	0.1679	0.8929	-0.0304	0.202	0.0639	-0.1124	-0.0141	-0.0457	0.0517	0.0659	0.0445	0.0347	0.0096	0.0248	0.0232	0.0086	0.0475	64.666	95.9895	98.7296
23	12.6146	4.0063	0.5188	14.4709	-0.8562	15.4246	0.2757	-0.0402	0.9287	-0.2797	-0.2281	0.5858	-0.7368	-0.8548	-0.0476	0.0932	0.0444	-0.011	0.0536	-0.0008	0.0936	42.4454	99.1785	100.6614
24	1.2557	-0.5304	0.1226	0.5034	0.1415	0.4353	-0.0018	0.0115	-0.0749	-0.0352	-0.0005	-0.041	0.1013	0.032	0.0023	0.0611	0.0103	0.0302	0.0314	0.0117	0.0575	67.0331	90.5037	103.9192
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26	1.2227	0.3093	-1.1516	1.1707	-0.5343	1.6282	0.0965	-0.1785	0.1007	0.0487	-0.0776	0.0343	-0.0179	0.0846	-0.0189	0.0253	-0.0257	0.0167	0.0517	-0.019	0.0572	60.0801	105.3463	115.6482
27	2.7665	-1.3558	-0.7614	4.1485	1.532	1.2757	0.0308	-0.0806	0.0277	-0.0176	-0.1179	0.1607	0.0234	-0.0485	0.0871	0.0222	-0.023	0.0238	0.0354	-0.0254	0.051	41.6685	95.8841	114.2583
28	2.7837	-1.0932	-2.848	3.0597	0.0981	3.3638	0.0545	-0.0588	0.0206	0.0868	-0.0653	0.0359	-0.0774	0.0369	0.0109	0.0167	-0.0322	0.0073	0.0798	-0.0374	0.059	54.1284	102.8009	116.8156
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33	8.4963	6.6008	-3.9102	18.4716	2.3137	3.9469	-0.0346	-0.6637	-0.3703	-0.5423	0.0948	-0.8278	-0.1896	0.5454	-0.0602	0.0686	0.0522	0.0434	0.2891	0.1826	0.2658	78.113	45.0083	92.2937
34	1.8308	-0.6325	0.5165	0.9853	-0.8285	2.3074	-0.0309	-0.2714	0.0004	0.2189	-0.0031	-0.0226	-0.136	-0.1918	0.034	0.093	-0.0037	0.0193	0.093	0.0194	0.0835	53.9343	52.5951	103.4061
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39	1.766	0.1483	0.8314	1.384	0.3262	1.8734	0.0889	0.3167	0.0304	-0.1656	-0.1981	0.0587	-0.0717	0.2932	0.1092	0.0803	0.0509	0.0346	0.131	0.0324	0.0611	57.9908	52.6988	85.1172
40	1.4343	-0.5964	0.9051	0.6707	-0.0176	1.8341	0.0243	0.0566	-0.041	-0.015	-0.0985	-0.0372	-0.0572	-0.0355	0.0742	0.0379	0.0171	0.0149	0.0223	0.0184	0.0502	51.7251	53.7763	91.0066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	65 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	85 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	102 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	155 - 165
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	166 - 191
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	192 - 198
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	199 - 235
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 17
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	18 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	24 - 51
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	52 - 64
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	65 - 86
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	87 - 94
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	95 - 123
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	124 - 154
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	155 - 165
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	166 - 235
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 64
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	65 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	86 - 89
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	90 - 114
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	115 - 125
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	126 - 152
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	153 - 172
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	173 - 191
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	192 - 198
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	199 - 234
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	1 - 17
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	18 - 63
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	72 - 92
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	114 - 126
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	127 - 154
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	155 - 180
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	181 - 198
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	199 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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