+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uvo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure Of The Complex Of Porcine Pancreatic Elastase In Complex With Cadmium Refined At 1.85 A Resolution (Crystal A) | ||||||
要素 | ELASTASE 1エラスターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CHYMOTRYPSIN-FOLD / BETA-BARREL (Βバレル) / CADMIUM BINDING (カドミウム) / DATA COLLECTION WAVELENGTH 1A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Weiss, M.S. / Panjikar, S. / Mueller-Dieckmann, C. / Tucker, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2005 タイトル: On the Influence of the Incident Photon Energy on the Radiation Damage in Crystalline Biological Samples 著者: Weiss, M.S. / Panjikar, S. / Mueller-Dieckmann, C. / Tucker, P.A. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uvo.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1uvo.ent.gz | 47.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/1uvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/1uvo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
---|
-非ポリマー , 5種, 226分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-CD / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 5.1 / 詳細: pH 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 5.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→99 Å / Num. obs: 18988 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.58 % / Rmerge(I) obs: 0.022 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.01 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / % possible all: 100 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 40.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LKB 解像度: 1.85→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2048 / Rfactor Rwork: 0.1649 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |