[日本語] English
万見
- PDB-6awa: 1.83 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoyl Dehyd... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awa
タイトル1.83 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoyl Dehydrogenase from Pseudomonas putida in Complex with FAD and Adenosine-5'-monophosphate.
要素Dihydrolipoyl dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / dihydrolipoyl dehydrogenase / FAD / Adenosine-5'-monophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dihydrolipoamide dehydrogenase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain ...: / Dihydrolipoamide dehydrogenase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Dihydrolipoyl dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.83 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoyl Dehydrogenase from Pseudomonas putida in Complex with FAD and Adenosine-5'-monophosphate.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0379
ポリマ－100,4832
非ポリマー2,5547
水9,548530
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, 5TR3
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11680 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area35820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.936, 113.089, 120.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Dihydrolipoyl dehydrogenase


分子量: 50241.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: lpdG, PP_4187 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q88FB1, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 16.3 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), 1mM FAD;Screen: JCSG+ (G11), 2M Ammonium sulfate, 0.01M Bis-Tris HCl (pH 5.5);Cryo: 2M Ammonim sulfate, 25% sucrose.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 107766 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.022 / Rsym value: 0.05 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5340 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.353 / Rsym value: 0.814 / Χ2: 0.996 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TR3

5tr3


解像度: 1.83→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 5.385 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20069 5468 5.1 %RANDOM
Rwork0.17612 ---
obs0.17735 102097 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---2.39 Å20 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6946 0 167 530 7643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.9799927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.848316116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9115962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.77525.273256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.637151208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.0831526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.028120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.021338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.382.493833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.382.4883832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1293.7224800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1293.7244801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1232.8733461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1162.8553450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3264.155110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.80831.0918288
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.69830.4938164
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 419 -
Rwork0.271 7457 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92610.3749-0.87163.5973-0.3321.83820.0264-0.0329-0.2695-0.2157-0.125-0.38840.18870.06760.09860.08940.0058-0.06570.06770.07050.224521.4073-31.3662-26.6363
20.6678-0.0093-0.02421.6972-0.08270.2540.1426-0.1407-0.08410.3828-0.1461-0.06670.0167-0.02190.00350.1366-0.0848-0.05290.11890.06120.0467.2139-15.5119-13.4999
32.4798-1.3371-0.43013.3979-0.30122.33080.0756-0.3779-0.03240.3194-0.0041-0.56580.03330.3473-0.07150.1276-0.0317-0.18740.2160.09580.310329.6363-25.2626-14.9882
40.6637-0.1026-0.06121.5363-0.20290.92520.0783-0.0446-0.05520.266-0.1523-0.4086-0.13620.08320.07390.0908-0.0643-0.08350.10360.07660.225.6264.8228-20.3318
51.0390.7682-0.14852.3075-0.16110.23830.1077-0.04460.0805-0.0413-0.1037-0.1809-0.05040.0034-0.0040.07030.01220.01620.10690.02770.072215.435225.1729-34.0573
60.6818-0.2109-0.13752.99540.23250.80750.06650.1674-0.1093-0.7332-0.16690.0853-0.1036-0.14770.10040.29660.0863-0.02480.1592-0.02730.02724.482311.4061-53.9165
72.35381.3394-0.0093.8399-0.25662.21110.01020.1841-0.2223-0.36860.0577-0.71840.00760.2958-0.06790.09310.01690.14280.13410.02040.25431.18823.867-43.8384
80.38010.12170.19721.5416-0.37431.13910.05090.001-0.059-0.257-0.1234-0.4290.17890.08730.07250.08760.04570.06090.07480.05570.203524.5527-6.1037-38.9178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3A280 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4A345 - 475
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6B154 - 279
7X-RAY DIFFRACTION7B280 - 351
8X-RAY DIFFRACTION8B352 - 475

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る