PDB-5u8v: Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u8v

タイトル

Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa bound to NAD+

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dihydrolipoamide dehydrogenase / NAD(H) binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The Pyruvate and alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase Complexes of Pseudomonas aeruginosa Catalyze Pyocyanin and Phenazine-1-carboxylic Acid Reduction via the Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase.
著者: Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.

履歴

登録	2016年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u8v.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u8v.ent.gz	896.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u8uC 5u8wC 1lpfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u8w-1 6bz0-2 5u8u-1 5u8w-2 5tr3-d 2yqu-d 1xdi-d 7kmy-2 1dxl-1 2a8x-d 3l8k-d 6i4z-2 4m52-1 1zmd-1 1zmc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.610, 116.690, 136.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase 分子量: 50510.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpdG, PA14_43970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z9F5, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	... ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG 3350, HEPES, KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→38.901 Å / Num. obs: 361955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 1.672 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC_1/2: 0.608 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LPF

1lpf

解像度: 1.45→38.901 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 16.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	4260	1.18 %
R_work	0.1521	-	-
obs	0.1524	361890	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13756	0	448	2105	16309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.767	19810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.275	5040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.2372	151	0.2377	11854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4665-1.4837	0.2423	142	0.225	11851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4837-1.5018	0.2282	143	0.2174	11913	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5018-1.5208	0.2653	149	0.2156	11898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5208-1.5409	0.2573	132	0.2116	11882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5409-1.562	0.2159	136	0.1979	11955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.5843	0.2383	140	0.1855	11790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5843-1.6079	0.2275	129	0.1771	11968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6079-1.633	0.2297	146	0.17	11917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.633-1.6598	0.1979	160	0.1612	11810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.6884	0.1917	138	0.1535	11972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.7191	0.159	136	0.1479	11883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7191-1.7522	0.1972	143	0.1468	11853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7522-1.788	0.2128	147	0.1452	11907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.8269	0.1689	147	0.1439	11959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8694	0.1669	136	0.1445	11867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8694-1.9161	0.1877	136	0.1438	11919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9679	0.1845	150	0.1399	11869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.0258	0.1794	134	0.1386	11921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0258-2.0912	0.1655	146	0.1368	11947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1659	0.1537	140	0.1331	11925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1659-2.2526	0.1521	138	0.1305	11919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2526-2.3551	0.148	144	0.1335	11927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3551-2.4793	0.154	145	0.1364	11944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4793-2.6346	0.1681	138	0.1413	11966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6346-2.838	0.1494	143	0.1468	11935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-3.1234	0.1613	136	0.1524	11997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1234-3.5751	0.1892	148	0.1552	11915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5751-4.5032	0.1418	143	0.1496	12028	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5032-38.9146	0.1957	144	0.1669	12139	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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