PDB-5u8w: Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u8w

タイトル

Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa bound to NADH

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dihydrolipoamide dehydrogenase / NAD(H) binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The Pyruvate and alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase Complexes of Pseudomonas aeruginosa Catalyze Pyocyanin and Phenazine-1-carboxylic Acid Reduction via the Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase.
著者: Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K.

履歴

登録	2016年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5u8w.ent.gz	871.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u8w_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u8w_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
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CIF形式データ	5u8w_validation.cif.gz	115.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5u8uC 5u8vC 1lpfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u8v-1 7kmy-2 5u8u-1 6bz0-2 2yqu-d 1zmc-2 5tr3-d 2c3c-d 1zmc-1 1xdi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (10)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (10)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

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105 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.510, 117.830, 139.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase 分子量: 50510.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpdG, PA14_43970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z9F5, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 % / 解説: cubes or bricks
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: PEG 3350, HEPES, KCl, microseeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→39.28 Å / Num. obs: 198646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 1.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC_1/2: 0.793 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LPF

1lpf

解像度: 1.79→34.935 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 17.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1785	2340	1.18 %
R_work	0.1667	-	-
obs	0.1668	198602	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→34.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13640	0	468	1228	15336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745	19602
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.555	8334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.8265	0.2781	154	0.2484	11511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8265-1.8663	0.2573	133	0.2284	11531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8663-1.9097	0.2398	127	0.2162	11448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9097-1.9574	0.2211	143	0.2015	11564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9574-2.0103	0.2397	140	0.1972	11496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0103-2.0695	0.2164	128	0.1882	11510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0695-2.1363	0.1693	143	0.1752	11511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1363-2.2126	0.1929	137	0.1707	11501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2126-2.3012	0.1754	137	0.1669	11562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3012-2.4059	0.1948	134	0.1647	11542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4059-2.5327	0.1779	137	0.1646	11506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5327-2.6913	0.1654	136	0.1655	11540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6913-2.899	0.1881	143	0.1639	11526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.899-3.1906	0.1828	129	0.1666	11578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1906-3.6519	0.1706	147	0.1619	11616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6519-4.5993	0.1347	132	0.144	11572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5993-34.9414	0.179	140	0.1626	11748	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8159	-0.8349	-0.7109	2.3288	0.2108	2.062	-0.0564	0.4809	-0.2853	-0.4332	0.1473	-0.0371	0.0223	0.0604	0.0223	0.3831	-0.0419	0.0528	0.3876	-0.2051	0.4055	28.7188	17.5803	39.1318
2	1.7215	2.6259	0.9302	6.699	2.7435	1.7666	-0.0757	0.1037	0.3756	0.0257	0.0532	0.043	-0.0409	-0.0706	0.0784	0.2466	0.0024	0.0229	0.2231	0.0242	0.2664	20.3877	49.405	53.6286
3	6.9405	-5.7547	-4.7948	7.5526	4.2751	4.0064	-0.0351	0.3394	-0.038	-0.3768	0.1181	-0.033	-0.0525	0.0942	-0.0353	0.2668	-0.0591	0.0133	0.3215	-0.0325	0.1705	23.512	32.3245	38.5956
4	0.5044	0.3394	0.4245	1.1594	-0.0459	0.867	-0.091	0.3788	-0.788	-0.3353	0.0955	0.1038	0.2068	-0.0006	0.4547	0.3978	-0.0543	0.0227	0.2892	-0.2311	0.4906	20.2561	11.9618	44.064
5	2.8859	0.3243	0.5128	1.459	-0.1216	0.5278	0.0368	-0.1889	0.005	0.0863	0.0226	0.0583	0.0638	-0.0062	-0.0488	0.2731	0.0082	0.0375	0.1932	-0.0068	0.2647	16.0696	34.59	65.1728
6	1.5932	0.449	0.2375	0.6549	0.012	0.6188	-0.0467	0.0679	-0.4075	0.0342	0.1324	-0.1217	0.2069	0.1018	-0.0589	0.3408	0.025	0.004	0.2213	-0.026	0.3837	26.507	19.3938	57.5678
7	2.8116	-2.1539	0.8353	6.4025	-1.5076	1.4677	0.0241	-0.1622	-0.1019	0.2575	-0.0065	-0.0052	0.0371	0.0343	-0.0581	0.2554	-0.0056	-0.0004	0.1756	-0.0067	0.2196	40.6649	37.682	70.1506
8	1.5148	0.3838	-0.0666	4.3644	0.3668	1.3611	0.0486	0.0154	-0.0446	0.0907	-0.0127	-0.2679	-0.0785	0.137	-0.0061	0.2611	-0.002	0.01	0.1904	-0.0093	0.2848	47.7375	40.866	64.4591
9	3.3937	-0.7076	1.2673	2.8718	-0.7956	2.1782	-0.0137	-0.222	0.2156	0.1287	0.0455	0.1195	-0.0317	-0.0707	-0.0246	0.2493	-0.0013	0.0316	0.1905	-0.0602	0.2897	54.4757	62.2347	71.3281
10	4.1973	4.0557	2.0868	3.8254	2.1233	2.2315	-0.1868	0.3637	0.4569	-0.1511	0.1064	0.3047	-0.1177	0.0103	0.0795	0.2827	0.0043	-0.0077	0.2437	0.0621	0.3176	26.998	57.1981	49.3333
11	6.1755	-1.6497	4.8134	1.391	-1.8645	5.3126	-0.0606	-0.3578	0.5639	-0.017	-0.0861	0.1196	0.0647	-0.2535	0.0966	0.2379	0.005	0.0384	0.1571	-0.0341	0.3407	39.4827	62.3522	67.464
12	1.9998	0.5761	0.4965	1.0609	0.3369	0.4588	-0.2023	0.141	0.5621	-0.1099	0.0965	0.0323	-0.1552	0.0475	0.0456	0.2845	0.0004	0.0169	0.1964	0.0168	0.4393	52.2442	69.5557	59.0828
13	1.0913	-0.2136	0.1418	4.3848	-0.1623	0.8005	-0.1315	0.664	0.4214	-0.6053	0.1134	-0.2899	-0.1246	0.1865	-0.0702	0.4392	-0.1009	-0.0134	0.4948	0.1341	0.3533	44.7637	61.2573	36.1937
14	1.7772	0.3619	0.3963	0.8503	0.3389	0.6722	-0.0871	0.3062	0.2506	-0.1179	0.1076	-0.1013	-0.0299	0.1422	0.1654	0.2598	-0.0188	0.0468	0.2083	0.0262	0.3167	57.7831	59.924	53.2471
15	3.5373	-0.5572	0.2435	1.4359	-0.3118	1.0565	-0.1751	0.5198	-0.151	-0.1939	0.1296	-0.1474	0.1002	0.0788	-0.0017	0.2847	-0.0366	0.0658	0.3137	-0.0833	0.2394	47.2608	38.9439	41.3766
16	1.5975	0.0358	-0.3768	0.8622	-0.5482	0.596	-0.1094	0.3457	-0.434	-0.0399	0.0448	-0.0816	0.1992	-0.1017	0.0293	0.2731	-0.0253	0.051	0.2682	-0.1058	0.3379	44.8103	32.3543	47.9406
17	1.5393	0.2954	-0.558	1.4696	-0.5145	2.5403	-0.0174	-0.2071	0.1209	0.0482	-0.0784	0.0426	-0.3203	0.0382	0.0971	0.3177	0.0109	-0.0312	0.3141	-0.0616	0.2118	47.4206	-4.3095	-18.7111
18	0.1816	0.0024	0.0455	1.184	-0.1899	2.2883	0.0121	-0.4414	0.1608	0.182	0.0623	0.1824	-0.3901	-0.2042	0.1795	0.3426	0.068	0.0541	0.7366	-0.1475	0.3732	39.3531	-8.6691	15.0066
19	2.2219	0.5852	-1.8563	0.475	-1.2558	4.511	-0.0566	0.0177	0.1688	0.1077	-0.0072	0.1254	-0.6357	-0.4651	-0.0139	0.3716	0.0226	0.0059	0.3492	-0.1354	0.3	42.1193	0.348	-4.832
20	1.9888	0.3887	0.9445	0.9297	-0.1934	2.293	-0.0028	0.1573	0.2361	-0.0698	-0.1457	0.0528	-0.297	-0.1526	0.079	0.4049	0.0738	-0.0351	0.3391	-0.05	0.2712	42.2464	-4.6169	-30.1713
21	2.8278	0.8528	-1.6493	1.0104	-1.1342	2.9589	0.0917	0.3327	0.048	-0.0319	0.097	0.2604	-0.0693	-0.6913	-0.098	0.3612	0.0172	-0.0354	0.4645	-0.0521	0.3347	34.6763	-17.6518	-14.0182
22	2.978	-0.5646	0.951	1.9719	-0.2407	1.8623	0.0741	-0.3669	-0.2334	-0.0155	0.0385	0.1335	0.1559	-0.268	-0.1025	0.2979	-0.0419	0.0227	0.5473	0.0006	0.3106	34.9756	-24.2838	5.1031
23	1.465	-0.2449	-0.8821	0.433	-0.6919	2.776	0.0236	-0.1814	-0.2449	-0.1705	0.0098	0.2637	0.3096	-0.2049	-0.0473	0.3609	-0.0667	-0.045	0.4426	-0.053	0.4036	32.2896	-25.0488	-10.1124
24	0.4178	-0.11	0.5666	0.548	-1.3815	2.9116	0.0966	-0.0468	0.0367	-0.086	-0.105	-0.0239	0.2076	0.3946	0.0944	0.331	0.0532	-0.0018	0.4279	-0.0556	0.2639	54.9841	-18.8079	-12.9253
25	2.7342	-0.0016	-0.2623	1.2863	0.1071	2.2153	0.0406	-0.318	-0.2215	0.1209	-0.0793	-0.0944	0.1946	0.2905	-0.0043	0.3525	0.0587	-0.0078	0.5397	-0.0243	0.2967	62.9599	-24.3423	10.5323
26	2.332	-1.7241	1.8353	4.2724	-0.6783	2.12	0.0296	-0.6106	-0.2897	0.5134	-0.4	0.0356	-0.0877	0.4978	0.0134	0.4312	-0.1012	-0.0311	1.0736	0.1512	0.3086	72.9814	-20.6421	33.3372
27	0.6903	0.4339	-1.1992	0.5579	-0.4015	2.8341	-0.2039	-0.6013	0.183	0.3237	0.1273	0.2508	-0.5426	-0.3349	-0.1806	0.5537	0.0772	0.027	0.6988	-0.2367	0.4207	45.6706	-2.0643	21.4691
28	5.7247	-1.7742	-3.2443	2.7075	2.3038	2.6163	-0.1001	-1.2253	-0.5258	0.5739	-0.0575	0.2	0.0362	-0.0101	0.3821	0.4465	-0.0826	0.0243	0.8977	-0.0288	0.2744	58.4411	-17.7932	32.5481
29	0.9184	0.397	-0.2863	0.3474	-0.0465	0.9696	0.2101	-1.2295	0.2557	0.4897	-0.2688	0.0151	-0.3979	0.7034	0.9781	0.6335	-0.1928	-0.158	1.3816	-0.0781	0.2294	70.4331	-6.5595	36.3834
30	1.7567	-0.062	0.0906	0.2448	-0.0826	0.9387	0.365	-0.7912	1.018	0.3494	-0.2714	-0.0903	-0.9073	0.4647	2.3468	0.7646	-0.3555	-0.1131	0.8897	-0.3601	0.5403	68.8729	8.668	28.0021
31	1.1334	-0.6992	1.1527	2.4927	-1.7509	2.1614	0.1014	-0.4195	-0.0767	0.0335	-0.3937	-0.31	-0.0891	0.6561	0.1868	0.3557	-0.0712	-0.0303	0.9134	0.0415	0.3613	78.5631	-12.2675	19.6186
32	3.7468	0.6675	-1.5782	2.2164	-0.299	2.4262	-0.1676	-0.0382	0.5799	-0.1191	-0.0811	0.0008	-0.372	0.1819	0.1984	0.3573	-0.042	-0.0451	0.4242	-0.0362	0.2811	63.4184	1.3954	2.1508
33	5.3982	0.0298	-3.9278	3.7778	-0.5099	4.1782	-0.0692	-0.0619	0.4147	-0.1172	-0.129	-0.2789	-0.1625	0.3693	0.385	0.3363	-0.0783	-0.0363	0.566	-0.0394	0.2963	69.7699	-2.7057	1.3204
34	4.2536	-0.1844	1.2173	2.4143	-0.1582	1.5971	-0.0502	0.1504	0.0224	-0.3064	-0.1242	-0.0107	-0.017	0.2899	0.1682	0.3087	-0.0148	-0.0012	0.4814	-0.0593	0.2195	63.6324	-8.3893	-2.3448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 115 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 172 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 253 through 370 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 371 through 424 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 425 through 474 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 3 through 54 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 55 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 89 through 114 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 115 through 203 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 204 through 252 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 253 through 370 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 371 through 424 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 425 through 474 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 3 through 54 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 55 through 88 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 89 through 114 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 115 through 144 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 145 through 171 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 172 through 252 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 253 through 302 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 303 through 370 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 371 through 474 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 4 through 54 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 55 through 88 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 89 through 114 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 115 through 203 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 204 through 302 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 303 through 370 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 371 through 402 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 403 through 424 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 425 through 474 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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