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Yorodumi- PDB-5u8w: Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5u8w | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Dihydrolipoamide dehydrogenase (LpdG) from Pseudomonas aeruginosa bound to NADH | ||||||
Components | Dihydrolipoyl dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dihydrolipoamide dehydrogenase / NAD(H) binding | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017Title: The Pyruvate and alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase Complexes of Pseudomonas aeruginosa Catalyze Pyocyanin and Phenazine-1-carboxylic Acid Reduction via the Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase. Authors: Glasser, N.R. / Wang, B.X. / Hoy, J.A. / Newman, D.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5u8w.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5u8w.ent.gz | 871.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5u8w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8w | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5u8uC ![]() 5u8vC ![]() 1lpfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 50510.023 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (bacteria)Strain: UCBPP-PA14 / Gene: lpdG, PA14_43970 / Production host: ![]() References: UniProt: A0A0H2Z9F5, dihydrolipoyl dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-NAI / #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.71 % / Description: cubes or bricks |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 / Details: PEG 3350, HEPES, KCl, microseeding |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 21, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.79→39.28 Å / Num. obs: 198646 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.79→1.85 Å / Redundancy: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.793 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1LPF Resolution: 1.79→34.935 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / Phase error: 17.99
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→34.935 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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