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Yorodumi- PDB-6pua: The 2.0 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetylt... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pua | ||||||
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Title | The 2.0 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase from Vibrio cholerae | ||||||
Components | Chloramphenicol acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / left-handed beta helix / hexapeptide repeats / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information chloramphenicol O-acetyltransferase / acyltransferase activity / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2020 Title: Structural and functional characterization of three Type B and C chloramphenicol acetyltransferases from Vibrio species. Authors: Alcala, A. / Ramirez, G. / Solis, A. / Kim, Y. / Tan, K. / Luna, O. / Nguyen, K. / Vazquez, D. / Ward, M. / Zhou, M. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Kuhn, M.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pua.cif.gz | 328.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pua.ent.gz | 222.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pua.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pua | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6pu9C 3eevS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 23845.730 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (bacteria) Strain: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / Gene: VC_A0300 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: Q9KMN1 |
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-Non-polymers , 5 types, 378 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 % v/v (+/-) 2-methyl-2,4-pentanedio |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→39.42 Å / Num. obs: 50618 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 37.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 37.2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 50618 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.415 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EEV Resolution: 2→39.42 Å / SU ML: 0.1869 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.4457
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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