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Yorodumi- PDB-6pxa: The crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase-like p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pxa | ||||||
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Title | The crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase-like protein from Vibrio fischeri ES114 in complex with taurocholic acid | ||||||
Components | Chloramphenicol acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aliivibrio fischeri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Kuhn, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase-like protein from Vibrio fischeri ES114 in complex with taurocholic acid Authors: Tan, K. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Kuhn, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pxa.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pxa.ent.gz | 895.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6pxa_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6pxa_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | 6pxa_validation.xml.gz | 106 KB | Display | |
Data in CIF | 6pxa_validation.cif.gz | 139.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ux9S S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 24745.918 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aliivibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (bacteria) Strain: ATCC 700601 / ES114 / Gene: VF_A0790 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): -Magic References: UniProt: Q5DZD6, chloramphenicol O-acetyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 825 molecules
#2: Chemical | ChemComp-TCH / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-FMT / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, 16% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2019 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→46.9 Å / Num. obs: 257772 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.74 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 2.052 / Net I/σ(I): 25.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.84 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 9761 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 0.85 / Χ2: 0.829 / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5UX9 Resolution: 1.82→46.9 Å / SU ML: 0.2505 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.7683
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→46.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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