PDB-6pub: Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pub

タイトル

Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase from Vibrio cholerae in the Complex with Crystal Violet

要素

Chloramphenicol acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / left-handed beta helix / hexapeptide repeats / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chloramphenicol O-acetyltransferase / acyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Kuhn, M. / Stam, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase from Vibrio cholerae in the Complex with Crystal Violet
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Kuhn, M. / Stam, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pub.cif.gz	123.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pub.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eevS 6pua S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6pxa-1 6pxa-2 6pxa-3 5ux9-1 6pxa-4 5ux9-2 6mfk-2 7m3w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.255, 83.255, 161.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Space group name Hall	P6c2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- SO4
2	1	A-306- SO4
3	1	A-474- HOH

#1: タンパク質	Chloramphenicol acetyltransferase 分子量: 23845.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0300 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9KMN1
#2: 化合物	ChemComp-CVI / CRYSTAL VIOLET / N,N-ジメチル-4-[ビス[4-(ジメチルアミノ)フェニル]メチレン]-2,5-シクロヘキサジエニリデンイミニウム分子量: 372.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10 % v/v 1,4-Dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 13030 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 40.16 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.992 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 621 / CC_1/2: 0.772 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EEV

3eev

解像度: 2.43→43.19 Å / SU ML: 0.2643 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9881

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2552	593	4.55 %
R_work	0.2105	-	-
obs	0.2124	13029	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1661	0	73	83	1817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	1786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4039	2431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0461	239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3687	994

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.68	0.2969	139	0.2739	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.68-3.06	0.2934	146	0.2478	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.06-3.86	0.239	153	0.2083	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.86-43.19	0.2426	155	0.1838	3262	X-RAY DIFFRACTION	97.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.03798893503	0.519796788503	-0.180554346888	1.57296018788	-0.350429301266	0.199180425274	-0.0817097293276	1.18915361014	0.335188255478	-0.270636431992	0.140747889469	-0.294126351833	0.608189764868	0.120668540707	0.0898182139954	0.652102655862	0.0370239265323	0.0335288290456	0.769993853059	0.140577134344	0.434879762655	6.55446063871	-29.9690425038	-34.5259825715
2	2.58337875508	0.968596548446	1.44624264322	2.01757548968	0.450554218594	2.39404251883	-0.233029415877	0.321803965349	0.480302670411	-0.177733977721	0.154926864858	0.187324212084	-0.498012625672	0.313167904427	0.0495608565835	0.462263188061	0.0360476574432	0.0147620773031	0.356712272863	0.0669542473311	0.305182494885	-10.8921442489	-29.9668653519	-29.0001287051
3	1.75366782667	0.541848271672	0.164537118021	2.2221002855	-0.140946698128	2.3067246132	0.291263612329	0.938114575304	-0.104412112202	-0.371586431592	-0.055612825033	0.339911796146	-0.23440849699	-0.534187030532	-0.23672011422	0.430807082688	0.0393747871132	-0.028930377984	0.463691922485	0.0375415643642	0.325487637899	-13.7582753083	-40.4966749092	-28.9119071093
4	0.29749926487	0.0676793153379	-0.312372633371	1.2251203594	-0.204955973437	0.50922798279	0.0587145996724	0.0163906882747	-0.013263548841	-0.203256412221	0.00263084793462	0.254017653967	0.0701558236459	-0.167379172355	-0.10221108508	0.307780890957	0.000796759435689	-0.0492805063914	0.400942266389	0.0589579560908	0.390005163241	-15.6821107969	-45.2694248449	-19.4671595717
5	4.17093641159	2.81371432158	0.161474728255	8.47946935548	-0.461828610153	1.83887280295	0.0624111543007	0.0890323648295	-0.0135402206596	-0.453050794521	0.320496722986	0.817377054663	0.413562308769	-0.291927800894	-0.292970333983	0.375074936234	-0.0476724591937	-0.109691208852	0.53981293917	0.0578908442784	0.423831573442	-27.7098046169	-56.7225756487	-22.6908847545
6	1.7109737156	-0.23437183727	1.00551912021	2.22208545053	0.254904785995	1.33165756264	0.13990645057	-0.0221384720037	0.0719450266658	0.130294820175	-0.0301386941358	0.0828826577751	-0.190958983815	-0.147371184586	-0.123306218392	0.26979755215	-0.0189437734322	0.0402507673295	0.30803134925	0.048752179101	0.244119692319	-7.53301774742	-36.0045640507	-13.6054132447
7	3.45344781682	-0.879380922212	0.0770649531885	4.58652171754	1.5567592552	2.4496971256	0.136724372907	-0.259682829851	0.597487594689	-0.114878938643	0.0583673768231	-0.19469723611	-0.33504917922	-0.000685579531436	-0.211417230315	0.297515497905	0.040594576832	0.0753775319739	0.310564436414	0.00935816670403	0.288538248234	-5.89082113624	-24.1515998676	-4.66718372475
8	3.2085411842	-0.341310948595	-1.89442526412	6.70512825087	-4.30868935197	6.39956200892	0.272627411743	0.792973133267	1.02009487894	-0.775021129667	0.606577386909	-0.130979501856	-0.899884007042	-0.670774789888	-0.813385388063	0.650731852534	0.0695860130757	0.158464313743	0.419709298979	0.105567388631	0.572798823961	-8.63140078706	-12.6416808099	-19.0141297555
9	2.58190629074	-0.622861648341	-1.19874114607	5.72924104821	1.71499972926	6.60749815275	0.279963710178	-0.178078703221	1.00678722546	0.0205645439245	0.463148122434	-0.318233652969	-1.25319893892	0.315656066617	-0.663177980453	0.606469569437	-0.0398963454487	0.139923617487	0.276539591237	-0.0131998299661	0.623099184797	-3.77237324157	-10.7185838947	-10.2595090519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 87 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 88 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 109 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 174 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 175 through 186 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 187 through 207 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)