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- PDB-5ux9: The crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ux9
タイトルThe crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase from Vibrio fischeri ES114
要素Chloramphenicol acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase
B: Chloramphenicol acetyltransferase
C: Chloramphenicol acetyltransferase
D: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,99127
ポリマ－100,1094
非ポリマー1,88223
水1,54986
1
A: Chloramphenicol acetyltransferase
B: Chloramphenicol acetyltransferase
C: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,40820
ポリマ－75,0823
非ポリマー1,32617
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13480 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
2
D: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子

D: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子

D: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,74821
ポリマ－75,0823
非ポリマー1,66618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area15190 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.426, 147.426, 101.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Chloramphenicol acetyltransferase


分子量: 25027.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (バクテリア)
株: ATCC 700601 / ES114 / 遺伝子: VF_A0790 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic
参照: UniProt: Q5DZD6, chloramphenicol O-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 109分子

#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES:NaOH, 10% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 34158 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.027 / Χ2: 0.672 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1724 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.4 / Χ2: 0.82 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→47.045 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.7
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 1625 4.82 %random
Rwork0.2 ---
obs0.2018 33713 97.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6715 0 109 86 6910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5689455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9633998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7003-2.77970.35451120.29222349X-RAY DIFFRACTION86
2.7797-2.86940.341610.2912618X-RAY DIFFRACTION98
2.8694-2.9720.31311570.27922690X-RAY DIFFRACTION99
2.972-3.0910.37931430.2752697X-RAY DIFFRACTION99
3.091-3.23160.27271470.25352683X-RAY DIFFRACTION99
3.2316-3.40190.27831370.21542709X-RAY DIFFRACTION100
3.4019-3.6150.25591230.21062736X-RAY DIFFRACTION99
3.615-3.8940.25091410.19662704X-RAY DIFFRACTION99
3.894-4.28560.2061970.17062738X-RAY DIFFRACTION99
4.2856-4.90520.16521250.14552702X-RAY DIFFRACTION98
4.9052-6.17780.18911380.16392738X-RAY DIFFRACTION99
6.1778-47.05190.17111440.16562724X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01121.3741-4.10360.5785-1.88587.27750.22320.08470.49490.08840.08030.4934-0.96350.0119-0.17680.50650.03380.26380.2648-0.05430.823663.93287.086187.2209
23.0132-1.4856-0.47480.89810.552.0020.2577-0.17340.8897-0.13650.03680.1016-0.30320.5648-0.26350.5093-0.05740.2140.363-0.18070.718371.760985.727688.8758
37.3242-0.43860.96672.14530.83291.69650.03560.69590.2128-0.28170.1654-0.4186-0.65110.5567-0.19360.4523-0.09270.20330.5289-0.13190.549374.843182.728678.8674
44.5812-0.01760.85470.6023-0.04680.64710.09310.19070.1609-0.0840.0184-0.1203-0.15360.2396-0.12950.3098-0.02890.10760.3148-0.13820.410379.035873.091685.2993
57.2198-4.93094.38646.0637-5.03274.27020.96960.8255-1.1526-0.11480.40650.36130.46590.6181-1.06460.31070.15620.03280.3711-0.19050.426562.888360.559283.0292
63.49753.6629-1.28226.47150.26754.38070.32780.6794-0.1657-0.5777-0.1260.14470.13610.6085-0.18350.26990.1311-0.05680.4856-0.07930.383655.883870.019270.1803
73.582-4.54130.30146.5083-1.84176.6530.16860.1611-0.2562-0.24940.35141.5686-0.5313-0.8285-0.4810.36620.15830.01140.45370.03420.687545.969475.565275.3706
86.5899-3.78674.77617.55-3.88028.32220.20810.3605-0.2987-0.29280.16111.04450.1066-0.6086-0.44070.41290.1677-0.10380.5035-0.08770.645546.473770.708666.4865
92.0163-0.42262.19120.1433-0.85662.7857-0.5042-0.01051.15950.38630.4143-0.7133-0.52670.7950.07950.8465-0.1330.20140.7709-0.43530.841389.54985.224299.8557
100.04670.23690.12381.3931-0.79564.44830.1727-0.193-0.18551.1503-0.1459-0.42660.19720.6531-0.16260.621-0.08760.06960.7752-0.36760.595895.155276.9362109.5793
117.0456-1.4260.65673.9228-1.16970.2706-0.4867-0.77390.96720.67330.2987-0.1594-0.12820.07220.12420.5219-0.05210.05720.5624-0.25960.509483.345281.2159102.2722
121.82880.0108-0.78041.45121.17123.788-0.1478-1.53330.83241.00110.04270.19910.15370.03790.15660.8794-0.04870.07390.9139-0.32940.612484.737774.958120.5246
130.77221.1243-1.44371.4288-1.01011.94880.3151-0.57640.32060.6575-0.06870.0277-0.34390.2482-0.20970.5519-0.02540.05650.6739-0.21520.376179.279866.3907114.9634
144.9003-0.2656-5.84131.5237-1.39379.0762-0.0029-0.80030.53540.9906-0.3998-0.47390.64520.23980.01060.6988-0.11780.07470.981-0.23870.384279.977861.8182124.4598
151.9838-0.18071.3372.5086-0.36763.5175-0.38230.0538-0.14460.18850.3198-0.00870.3483-0.20460.06560.431-0.08030.08510.4553-0.2270.345386.81967.9452101.9377
164.5543-1.209-0.81042.11580.02762.41070.09510.1092-0.12530.3781-0.14350.0330.2682-0.10150.02330.2838-0.03090.02140.3608-0.18530.339687.764362.346298.7202
176.92421.1431-0.24651.6195-0.082.6973-0.15830.1966-0.59210.10520.1071-0.34620.27930.48670.03770.29960.06110.01730.4216-0.18020.415998.9261.377993.9707
184.72340.87180.8551.3816-1.2321.5772-0.14690.3727-0.3345-0.06010.207-0.6873-0.71560.34470.05890.3346-0.17920.06620.7188-0.2540.7037107.288673.766288.5524
196.85362.1623-1.37465.3321-3.20362.5499-0.35210.1488-0.5927-0.69950.292-1.92660.68171.14250.38030.2291-0.0590.11950.9993-0.33580.8968113.209965.149789.5155
206.8432-0.955-1.3044-0.05180.32970.3611-0.3066-1.17591.31750.3050.12440.1539-0.03490.15660.09470.66240.01840.21120.649-0.27160.666361.756676.149117.3172
211.8135-0.40981.60150.0106-0.14921.4366-0.1024-0.61420.71620.16220.1885-0.0496-0.0870.0572-0.03440.52280.05310.17830.4353-0.16960.573259.643477.7948109.7963
224.6774-3.67255.88685.2777-5.21578.31330.1745-0.3502-0.2550.16960.49960.80920.0237-0.2796-0.68340.39030.02320.17510.3595-0.05790.527351.02670.6829109.0127
230.27540.34591.20240.1816-0.40642.16290.0793-0.0709-0.05870.13690.17570.1128-0.2003-0.1177-0.14150.30760.08830.11240.3592-0.0940.54456.785469.983396.2121
241.3061-0.08191.10550.16610.21141.44660.21450.08370.28310.45670.12910.4253-0.6256-0.6755-0.2970.47650.13060.15460.4193-0.10980.836547.874575.456287.7524
252.13870.56561.57412.8133-1.0181.5230.1474-0.25460.30640.20340.17420.2106-0.0030.2817-0.32130.41140.0420.13360.3533-0.160.316863.41660.957107.5648
266.08021.0523-2.34986.0362-7.15038.78260.0143-0.3593-0.1803-0.5869-0.17740.0691.23190.54080.12390.44290.02830.07530.3188-0.1150.288768.201851.7228108.3643
276.3635-5.53572.4332.0942-3.56711.2510.0552-0.4243-0.1034-0.8257-0.10050.1165-0.1601-0.43030.09760.49860.00350.02810.4410.00110.289659.308146.803119.6331
283.2462-0.3513-2.76233.82434.29636.675-0.032-1.3197-0.06431.222-0.14610.275-0.1237-0.06070.13890.8243-0.01140.13530.6992-0.01880.312762.336656.6298129.7546
295.55791.0645-5.07184.41810.03318.49870.0793-0.7349-0.43530.55940.01930.1690.3491-0.3042-0.03630.7468-0.03110.15240.9683-0.08170.301859.269147.8809131.8197
302.34573.16811.67332.6020.78370.9352-0.46670.49450.1388-1.29110.6760.2170.209-0.3429-0.18350.47330.0232-0.04920.5257-0.0340.269856.27240.96346.9529
314.3961.3233-0.73122.1909-1.37671.53260.0239-0.1271-0.2120.0023-0.0718-0.0962-0.22940.17040.0090.39490.0431-0.04130.3633-0.05190.114459.574442.188650.1527
326.48933.31790.15535.03771.83376.0947-0.551.2637-0.7093-1.10150.54790.13750.27360.22120.04280.4412-0.0508-0.03090.3732-0.10050.300962.944925.4547.9091
334.7948-1.7686-0.41577.30631.93615.334-0.30540.1106-0.8991-0.29390.4730.19310.8988-0.1737-0.08910.4459-0.09080.00010.2873-0.00080.248255.571327.524155.7429
341.0531-1.6671.30482.3282-1.14771.25890.26120.0838-0.2422-0.4704-0.0910.09330.4186-0.1438-0.16170.3047-0.0261-0.04680.2102-0.05070.233868.81427.16560.8104
351.8432-1.84841.183.9603-0.63950.71810.10.6172-0.7343-0.23360.03990.2340.0448-0.1025-0.13490.44510.045-0.07320.3663-0.1080.314873.815714.827458.0975
362.07260.1459-0.80293.65830.31021.8062-0.0472-0.1782-0.11580.18340.1334-0.1769-0.0691-0.1779-0.12730.22940.0149-0.05680.27330.00730.110659.583239.052565.8748
373.8276-1.0803-0.74541.833-0.13382.1557-0.0555-0.3828-0.09580.26070.26950.2414-0.126-0.3893-0.20160.27150.047-0.02950.31540.08170.208444.745545.997768.1354
382.1548-0.24843.84931.62410.81534.91650.3498-0.88890.63940.74570.04530.8865-0.0434-1.8095-0.20230.32910.18730.17540.71450.25940.50233.382247.538969.7925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 173 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 174 through 189 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 190 through 204 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 205 through 217 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 17 through 28 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 29 through 42 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 43 through 67 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 68 through 105 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 106 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 119 through 136 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 137 through 162 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 163 through 189 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 190 through 204 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 205 through 217 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 3 through 24 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 25 through 58 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 59 through 75 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 76 through 95 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 96 through 118 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 119 through 162 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 163 through 173 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 174 through 183 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 184 through 204 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 205 through 217 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 1 through 24 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 25 through 42 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 43 through 58 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 59 through 75 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 76 through 95 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 96 through 118 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 119 through 162 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 163 through 204 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 205 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る