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Yorodumi- PDB-5ux9: The crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase from V... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ux9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The crystal structure of chloramphenicol acetyltransferase from Vibrio fischeri ES114 | ||||||
Components | Chloramphenicol acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationchloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio fischeri (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Microbiol Resour Announc / Year: 2025Title: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria. Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5ux9.cif.gz | 356.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ux9.ent.gz | 294.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ux9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ux9_validation.pdf.gz | 484.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ux9_full_validation.pdf.gz | 495.2 KB | Display | |
| Data in XML | 5ux9_validation.xml.gz | 38.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ux9_validation.cif.gz | 48.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5ux9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5umeC ![]() 5uswC ![]() 5usxC ![]() 5utxC ![]() 5uu6C ![]() 5uwyC ![]() 5wp0C ![]() 6aonC ![]() 6aooC ![]() 6aziC ![]() 6b5fC ![]() 6b8dC ![]() 6bk7C ![]() 6blbC ![]() 6c8qC ![]() 6pu9C ![]() 6puaC ![]() 6pxaC ![]() 6w2zC ![]() 9bznC ![]() 9bzqC ![]() 9bzrC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 25027.289 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (bacteria)Strain: ATCC 700601 / ES114 / Gene: VF_A0790 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() References: UniProt: Q5DZD6, chloramphenicol O-acetyltransferase |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 109 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-MES / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-FMT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES:NaOH, 10% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97919 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 34158 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.027 / Χ2: 0.672 / Net I/σ(I): 21.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1724 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.4 / Χ2: 0.82 / % possible all: 99.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→47.045 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.7
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→47.045 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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