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- PDB-5ume: Crystal Structure of 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase Met... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ume | ||||||
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Title | Crystal Structure of 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase MetF from Haemophilus influenzae | ||||||
![]() | 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / TIM barrel / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] / methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / one-carbon metabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase MetF from Haemophilus influenzae Authors: Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 702.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 589 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3fstS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 33338.113 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / Gene: metF, HI_1444 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P45208, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] |
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-Non-polymers , 6 types, 71 molecules ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACY / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-FMT / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2 M calcium acetate, 0.1M 0.1 M imidazole, pH 8.0, 20 %(w/v) PEG1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→43.728 Å / Num. obs: 61981 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 7.1 % / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 17.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2984 / CC1/2: 0.667 / Rsym value: 0.968 / % possible all: 95.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3fst Resolution: 2.7→43.728 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / Phase error: 26.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→43.728 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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