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Yorodumi- PDB-6c8q: Crystal structure of NAD synthetase (NadE) from Enterococcus faec... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6c8q | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of NAD synthetase (NadE) from Enterococcus faecalis in complex with NAD+ | |||||||||
Components | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / NAD / NadE / AMIDOTRANSFERASE / NH3 DEPENDENT / ATP PYROPHOSPHATASE / LIGASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationNAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Enterococcus faecalis V583 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.583 Å | |||||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Microbiol Resour Announc / Year: 2025Title: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria. Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6c8q.cif.gz | 855.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6c8q.ent.gz | 721.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6c8q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6c8q_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6c8q_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 6c8q_validation.xml.gz | 88.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6c8q_validation.cif.gz | 116.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8q | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5umeC ![]() 5uswC ![]() 5usxC ![]() 5utxC ![]() 5uu6C ![]() 5uwyC ![]() 5ux9C ![]() 5wp0C ![]() 6aonC ![]() 6aooC ![]() 6aziC ![]() 6b5fC ![]() 6b8dC ![]() 6bk7C ![]() 6blbC ![]() 6pu9C ![]() 6puaC ![]() 6pxaC ![]() 6w2zC ![]() 9bznC ![]() 9bzqC ![]() 9bzrC ![]() 5hujS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30447.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis V583 (bacteria) / Strain: ATCC 700802 / V583 / Gene: nadE, EF_2625 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.02 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, 10 mM NAD+ |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 20, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→25 Å / Num. obs: 77971 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 3667 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.495 / % possible all: 94.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5huj Resolution: 2.583→24.776 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.67 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.583→24.776 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Enterococcus faecalis V583 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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