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- PDB-6c8q: Crystal structure of NAD synthetase (NadE) from Enterococcus faec... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c8q | |||||||||
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Title | Crystal structure of NAD synthetase (NadE) from Enterococcus faecalis in complex with NAD+ | |||||||||
![]() | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / NAD / NadE / AMIDOTRANSFERASE / NH3 DEPENDENT / ATP PYROPHOSPHATASE / LIGASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | |||||||||
Function / homology | ![]() NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria. Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 855.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 721.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5uswC ![]() 5usxC ![]() 5utxC ![]() 5uu6C ![]() 5uwyC ![]() 5ux9C ![]() 5wp0C ![]() 6aonC ![]() 6aooC ![]() 6aziC ![]() 6b5fC ![]() 6b8dC ![]() 6bk7C ![]() 6blbC ![]() 6pu9C ![]() 6puaC ![]() 6pxaC ![]() 6w2zC ![]() 5hujS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30447.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, 10 mM NAD+ |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 20, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→25 Å / Num. obs: 77971 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 3667 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.495 / % possible all: 94.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5huj Resolution: 2.583→24.776 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.583→24.776 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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