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Yorodumi- PDB-5uu6: The crystal structure of nitroreductase A from Vibrio parahaemoly... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uu6 | ||||||
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Title | The crystal structure of nitroreductase A from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 | ||||||
Components | NADPH-flavin oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of nitroreductase A from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 Authors: Tan, K. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uu6.cif.gz | 383.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uu6.ent.gz | 313.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uu6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uu6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2bkjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27061.414 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (bacteria) Strain: RIMD 2210633 / Gene: VPA1601 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q87FS7 #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris:HCl, 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2017 / Details: Mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 64115 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.741 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 3042 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.572 / Χ2: 0.892 / % possible all: 93.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2BKJ Resolution: 1.95→43.689 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.02
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→43.689 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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