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Yorodumi- PDB-5uu6: The crystal structure of nitroreductase A from Vibrio parahaemoly... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5uu6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The crystal structure of nitroreductase A from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 | ||||||
Components | NADPH-flavin oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Microbiol Resour Announc / Year: 2025Title: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria. Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...Authors: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5uu6.cif.gz | 383.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5uu6.ent.gz | 314.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5uu6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5uu6_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5uu6_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 5uu6_validation.xml.gz | 39.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 5uu6_validation.cif.gz | 55.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uu6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5umeC ![]() 5uswC ![]() 5usxC ![]() 5utxC ![]() 5uwyC ![]() 5ux9C ![]() 5wp0C ![]() 6aonC ![]() 6aooC ![]() 6aziC ![]() 6b5fC ![]() 6b8dC ![]() 6bk7C ![]() 6blbC ![]() 6c8qC ![]() 6pu9C ![]() 6puaC ![]() 6pxaC ![]() 6w2zC ![]() 9bznC ![]() 9bzqC ![]() 9bzrC ![]() 2bkjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27061.414 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (bacteria)Strain: RIMD 2210633 / Gene: VPA1601 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.57 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Bis-Tris:HCl, 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97919 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2017 / Details: Mirror |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 64115 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.741 / Net I/σ(I): 10.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 3042 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.572 / Χ2: 0.892 / % possible all: 93.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2BKJ Resolution: 1.95→43.689 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.02
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→43.689 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
































PDBj


Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (bacteria)


