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Yorodumi- PDB-6mfk: Crystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase from Eliza... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mfk | ||||||
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Title | Crystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase from Elizabethkingia anophelis | ||||||
Components | Chloramphenicol acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / antibiotic resistance / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information chloramphenicol O-acetyltransferase / chloramphenicol O-acetyltransferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2021 Title: Structural characterization of a Type B chloramphenicol acetyltransferase from the emerging pathogen Elizabethkingia anophelis NUHP1. Authors: Ghafoori, S.M. / Robles, A.M. / Arada, A.M. / Shirmast, P. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Myler, P.J. / Edwards, T.E. / Kuhn, M.L. / Forwood, J.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mfk.cif.gz | 109.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mfk.ent.gz | 82 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mfk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1xatS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24475.885 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis (bacteria) / Gene: catB, BAY10_06425, E18064_290343 / Plasmid: ElanA.01572.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: X5KVH4, chloramphenicol O-acetyltransferase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( | ||
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: ElanA.01572.a.B1.PW38419 @21.17 mg/ml was incubated with 5 mM acetyl-CoA and chloramphenicol, then mixed 1:1 with JCSG+(a11): 50% (v/v) MPD, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 8.5, 0.2 M ammonium ...Details: ElanA.01572.a.B1.PW38419 @21.17 mg/ml was incubated with 5 mM acetyl-CoA and chloramphenicol, then mixed 1:1 with JCSG+(a11): 50% (v/v) MPD, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 8.5, 0.2 M ammonium phosphate basic. Tray 299552a11, puck: jtk9-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2018 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→38.423 Å / Num. obs: 28379 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.882 % / Biso Wilson estimate: 31.595 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 21.49 / Num. measured all: 223684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1XAT Resolution: 1.65→38.423 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 15.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.13 Å2 / Biso mean: 29.7393 Å2 / Biso min: 12.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→38.423 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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