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Yorodumi- PDB-5umg: Crystal structure of dihydropteroate synthase from Klebsiella pne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5umg | ||||||
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Title | Crystal structure of dihydropteroate synthase from Klebsiella pneumoniae subsp. | ||||||
Components | Dihydropteroate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / dihydropteroate synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.601 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of dihydropteroate synthase from Klebsiella pneumoniae subsp. Authors: Chang, C. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5umg.cif.gz | 199.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5umg.ent.gz | 168.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5umg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30887.041 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (bacteria) Strain: ATCC 700721 / MGH 78578 / Gene: folP, KPN_03587 / Plasmid: pMCSG53 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A6TEJ6, dihydropteroate synthase #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.8 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris-Cl, 32% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97922 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97922 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→44.582 Å / Num. obs: 14823 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 40.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 162490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.601→44.582 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.7 Å2 / Biso mean: 45.9809 Å2 / Biso min: 8.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.601→44.582 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 39.0149 Å / Origin y: 37.4656 Å / Origin z: 54.8975 Å
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Refinement TLS group |
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