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- PDB-6nfp: 1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Arginase from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfp
タイトル1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Arginase from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
要素Arginase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine metabolic process / arginase / arginase activity / : / urea cycle / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / GLYCOLIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UREA / Arginase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Evdokimova, E. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Arginase from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Evdokimova, E. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase
B: Arginase
C: Arginase
D: Arginase
E: Arginase
F: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,277100
ポリマ－194,7966
非ポリマー5,48194
水29,2381623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, 2CEV
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30220 Å2
ΔGint-531 kcal/mol
Surface area55700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.414, 143.989, 85.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arginase


分子量: 32466.064 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rocF, BSU40320, argI / プラスミド: pMCSG53
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: P39138, arginase

-
非ポリマー , 10種, 1717分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物
ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物
ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 40.0 mg/ml, 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES pH 7.5, Screen: 0.2M Magnesium chloride,0.1M Tris-HCL pH 8.5, 17% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 191464 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 9654 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.421 / Rrim(I) all: 0.887 / Rsym value: 0.779 / Χ2: 1.028 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CEV

2cev


解像度: 1.7→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 3.582 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16646 9706 5.1 %RANDOM
Rwork0.13946 ---
obs0.1408 181718 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.936 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å20.21 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13179 0 314 1623 15116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01314033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.63418893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3661.58130906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.74351801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.29124.397614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.849152500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1911551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0560.0215644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0560.022473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3772.0287151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3662.0197136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1183.0178959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1183.0178960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5742.426882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5742.4216883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5113.4839935
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.26326.82715943
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.06525.7215505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 693 -
Rwork0.228 13193 -
obs--92.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80540.7914-0.21031.8902-0.12911.66750.007-0.05980.06840.07390.00760.0478-0.0019-0.0072-0.01460.00560.008-0.01240.1108-0.00020.1175-4.940116.761112.4503
23.81222.6632-0.46633.0887-0.87170.95620.2248-0.25050.12020.1738-0.14440.0925-0.1314-0.0416-0.08030.0309-0.00340.00160.0531-0.0290.0856-6.358523.349513.4447
30.77810.1198-0.04730.6307-0.00690.6509-0.01680.04120.0756-0.05360.00010.06280.0214-0.01630.01680.01440.0049-0.03020.08980.01980.0931-3.03414.1395-1.4176
41.2872-0.0951-0.49490.75770.04971.0648-0.0281-0.0055-0.03680.08920.0108-0.0460.05330.03860.01740.0178-0.0086-0.02840.11640.02370.123541.21210.540118.448
53.7157-1.9725-2.53852.13831.46872.788-0.0545-0.17450.07680.18140.0209-0.089-0.04270.12980.03360.0361-0.0239-0.02570.077-0.00790.09344.570224.258722.6922
60.58880.1490.04640.7471-0.07920.6762-0.00250.02680.0778-0.02320.01310.0122-0.0605-0.0156-0.01070.0093-0.0103-0.01230.10660.02880.115333.131321.05428.936
70.9283-0.4769-0.36970.9449-0.17151.0130.001-0.03310.1313-0.06320.0189-0.059-0.0153-0.0041-0.020.0181-0.0235-0.02330.10890.00340.11133.72446.884136.7008
82.6439-1.5873-1.40511.69860.86862.18990.14530.13780.2653-0.0537-0.102-0.1563-0.0642-0.0094-0.04330.0431-0.0251-0.01380.0968-0.01690.131535.354710.9540.2355
91.0396-0.0213-0.02450.5359-0.02930.5864-0.0172-0.122-0.00020.03930.0199-0.07670.08360.0066-0.00270.0303-0.0186-0.03020.11530.00550.060631.4577-3.768645.7561
101.04150.5178-0.33340.7455-0.2151.0187-0.05450.03150.0876-0.07230.03840.1609-0.0385-0.03050.01610.01160.0037-0.02390.1244-0.00190.1369-12.21658.255728.2506
114.96834.7122-1.05745.0947-1.12911.1357-0.0429-0.07360.1429-0.0586-0.00280.1493-0.158-0.11630.04560.03540.0233-0.00240.0514-0.01220.1585-16.641219.85235.0823
120.6809-0.1147-0.04790.7940.03040.85-0.0205-0.08560.09950.1104-0.00890.0974-0.02450.05070.02940.0167-0.0050.00790.1239-0.01280.0926-4.72218.297942.436
132.25440.0494-0.33760.585-0.28071.5052-0.0068-0.1191-0.13370.03490.00840.04490.1054-0.0744-0.00160.0169-0.00160.00220.01990.00990.075316.4122-20.742.9185
144.7941-1.63491.70671.4448-0.83182.7369-0.0385-0.1584-0.2940.00170.10640.18510.1305-0.2097-0.06790.0443-0.0248-0.01270.0310.00540.068913.3785-22.8754-1.497
150.8347-0.2652-0.25981.17510.24240.8350.05010.0049-0.0605-0.0835-0.0187-0.0780.00380.0609-0.03140.00870.0050.00320.0262-0.00110.03425.0813-13.72-5.6679
161.9059-0.1433-0.02610.7332-0.60482.23130.06510.1188-0.0344-0.0822-0.04910.00690.13440.0358-0.0160.01430.00920.00280.016-0.0070.037812.2962-26.872918.7551
173.56980.21652.15371.17690.01552.5806-0.0350.2872-0.0276-0.1162-0.0274-0.14220.08470.29320.06240.06920.04230.01910.0570.00570.0314.8574-30.72519.6565
180.80390.2065-0.17690.99210.05991.0140.05310.0194-0.06050.0509-0.04960.05610.1154-0.0452-0.00350.0263-0.0053-0.00120.01060.0080.04783.7265-27.642929.9304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A61 - 296
4X-RAY DIFFRACTION4B-1 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5B52 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6B89 - 296
7X-RAY DIFFRACTION7C3 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8C34 - 62
9X-RAY DIFFRACTION9C63 - 296
10X-RAY DIFFRACTION10D0 - 62
11X-RAY DIFFRACTION11D63 - 87
12X-RAY DIFFRACTION12D88 - 296
13X-RAY DIFFRACTION13E2 - 33
14X-RAY DIFFRACTION14E34 - 64
15X-RAY DIFFRACTION15E65 - 296
16X-RAY DIFFRACTION16F2 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17F33 - 64
18X-RAY DIFFRACTION18F65 - 296

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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