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- PDB-5ue1: Crystal structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocystein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ue1
タイトルCrystal structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase in complex with adenine from Vibrio fischeri ES114
要素5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAADENINE / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Vibrio fischeri ES114
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,62315
ポリマ－49,7512
非ポリマー87213
水12,160675
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.642, 72.915, 57.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: -1 - 231 / Label seq-ID: 2 - 234

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99739, -0.072177, 0.0019), (-0.072202, 0.997151, -0.021858), (-0.000317, -0.021938, -0.999759)99.76464, 4.82419, 108.53557

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase ...MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase / SRH nucleosidase


分子量: 24875.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (バクテリア)
株: ATCC 700601 / ES114 / 遺伝子: mtnN, VF_2128 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5E2X3, adenosylhomocysteine nucleosidase

-
非ポリマー , 6種, 688分子

#2: 化合物 ChemComp-9DA / 9-DEAZAADENINE


分子量: 134.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→30 Å / Num. obs: 144464 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.79 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 7077 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DP9

3dp9


解像度: 1.14→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.032 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15785 7428 5.1 %RANDOM
Rwork0.12911 ---
obs0.13059 137008 92.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.867 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å2-0.16 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.14→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3463 0 48 682 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0021.9685227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11638344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4425520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65126150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99715656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6481511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2890.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2990.9962013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2962010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6071.5072554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6072555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5731814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5691814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.862674
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.0214500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.9324438
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.96633813
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.895132
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.48553842
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3211 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.235
Bloose thermal2.1810
LS精密化 シェル解像度: 1.141→1.171 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 540 -
Rwork0.224 9794 -
obs--89.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71390.2157-0.14581.32970.28750.86520.0439-0.0490.02460.0281-0.0290.0389-0.0951-0.0508-0.01490.041-0.00090.00760.0244-0.00320.002845.98436.204470.7568
20.2901-0.098-0.26730.16330.15630.90230.0026-0.0302-0.0080.003-0.0365-0.02970.03390.11010.03390.02580.00250.00250.0390.01970.011356.1939-7.873762.3461
31.78690.6014-2.10730.9822-0.73474.6925-0.0124-0.07670.01380.09140.0385-0.06280.0140.1368-0.02610.02150.0014-0.01180.0198-0.0020.00860.943-2.668979.9775
40.23510.1155-0.18070.5352-0.01040.9938-0.0257-0.0368-0.020.0183-0.0386-0.03010.13450.09520.06430.03780.00750.00830.0170.00830.005852.6381-11.62769.7012
50.6019-0.1488-0.12531.2883-0.24030.91870.030.06630.0301-0.0296-0.0095-0.0389-0.09380.0107-0.02050.03760.00610.00850.02430.00590.003953.60946.074537.5933
60.32610.1729-0.10380.2518-0.23450.79830.00520.0538-0.00130.0025-0.01620.02540.0336-0.13210.0110.027-0.00540.00480.0701-0.01880.007344.3779-8.477846.3287
73.2158-0.777-2.96611.18450.98825.3879-0.01090.18420.0238-0.1339-0.00150.0798-0.0097-0.21430.01240.0231-0.0013-0.01190.04290.00340.007638.4587-3.51229.1835
80.38590.0425-0.17310.3284-0.20330.7436-0.0330.0784-0.0324-0.0541-0.0175-0.00140.1208-0.13150.05050.0435-0.01050.00850.0464-0.01390.005248.2964-12.493539.0755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3A122 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4A140 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5B-1 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6B49 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7B122 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8B139 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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