[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4wkn: Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wkn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with methylthio-DADMe-Immucillin-A | ||||||
![]() | Aminodeoxyfutalosine nucleosidase | ||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / hydrolase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cameron, S.A. / Wang, S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: New Antibiotic Candidates against Helicobacter pylori. Authors: Wang, S. / Cameron, S.A. / Clinch, K. / Evans, G.B. / Wu, Z. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C. #1: ![]() Title: A picomolar transition state analogue inhibitor of MTAN as a specific antibiotic for Helicobacter pylori. Authors: Wang, S. / Haapalainen, A.M. / Yan, F. / Du, Q. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Rinaldo-Matthis, A. / Brown, R.L. / Norris, G.E. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 108.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 82.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4wkoC ![]() 4wkpC ![]() 4ynbC ![]() 4yo8C ![]() 4ffsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26886.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9ZMY2, adenosylhomocysteine nucleosidase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-TDI / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.95 % / Description: cubes |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: Protein (10 mg/mL); Reservoir (0.1 M Bicine pH 9.0 and 2.4 M ammonium sulfate); Cryoprotection (20% (v/v) glycerol) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double silicon(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 22676 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 39.8 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.04 / Net I/av σ(I): 44.978 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 903055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FFS Resolution: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1585 / WRfactor Rwork: 0.1438 / FOM work R set: 0.8744 / SU B: 5.032 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1241 / SU Rfree: 0.1095 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1095 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 57.48 Å2 / Biso mean: 25.386 Å2 / Biso min: 14.39 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.998→2.05 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 6.0896 Å / Origin y: 45.0353 Å / Origin z: -26.3273 Å
|